JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0048	8095	1	0	0	0	0	1	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0049	8094	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0050	8095	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0051	8094	1	0	0	0	0	1	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0052	8095	1	0	1	0	0	0	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0053	8096	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0054	8096	1	0	1	0	0	0	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0055	8096	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD2_chr15_51746597_51821363	0/0	t0056	8096	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TMOD2	chr15	51746597	51821363
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0001	7171	97	13	10	57	1	16	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/1	t0002	7177	56	11	13	17	5	9	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0003	7172	47	19	17	1	4	6	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0004	7141	20	0	4	16	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0005	7141	18	18	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0006	7172	15	1	1	13	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0007	7177	12	0	0	12	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0008	7141	8	0	3	5	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0009	7177	6	4	2	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0010	7172	5	0	5	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0011	7178	5	0	3	2	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0012	7177	5	0	0	5	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0013	7169	3	0	0	3	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0014	7172	3	0	3	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0015	7173	3	1	0	2	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0016	7172	3	0	0	3	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0017	7177	3	3	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0018	7178	3	0	3	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0019	7170	2	0	0	2	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0020	7176	2	0	1	1	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0021	7201	2	0	0	1	0	1	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0022	7172	2	0	1	0	0	1	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0023	7171	2	0	0	2	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0024	7177	2	2	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0025	7177	2	2	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0026	7176	2	0	1	0	0	1	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0027	7177	2	0	2	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0028	7177	2	0	0	2	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0029	7171	2	0	2	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0030	7137	2	0	2	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0031	7173	2	2	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0032	7171	2	0	0	2	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	1/0	t0033	7174	1	0	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0034	7159	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0035	7172	1	0	1	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0036	7169	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0037	7171	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0038	7172	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0039	7172	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0040	7172	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725
TMOD3_chr15_51824653_51920725	0/0	t0041	7171	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TMOD3	chr15	51824653	51920725