JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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NBPF10_chr1_146059711_146149804	146099871	GACACACA others(23607): Show GACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGA GAGAGAGAGAGAGAGAACGAGCTCAGTGAATTGTCCAGGTGACACACTGA TGAGGGAGTAACAGGACACTCTGAGTTAGTGCCCTCAGGACACACAGCAT ACAGGGATCATGAAAAGACTGTGCTCAATAATTTTCCATAAAATGTGCTC AAGTTTCCATGCAGTCGCCATGAGAATACAGTTTTTGAAGTCTGGTCCAC CTACAGTAGGTTAGTAAATGATAAGGGGAGGAAGAAATGGAAACCTAAAT ATCTACTGCAATGAAAACCAACAGCAATGTTAGTAGGAATAATTCAGGCT TGGTTGAAAAGATGTAATCGATAATGTCAGCCCGCACTGTTTTCCCTGAA CCAGGAGTCTCCAGATGTCAACACAGAAGTAGCTGTTCACAATTGCTCAG TTACCTGGGGCATGGTGGGCCTTGGTCTTCTTCCTCTTCTTGGTCCTTTT TAATTCCTGCAATACATTCAGACAGGGACAGACAAAATAAGCCAATTCAC CTACACCCATAACAGTCCACTGTCTAATCCCCACACAGGGATCTCAGGCT CCTCAGCATGAGAACAGGACAATGTGAGAGATATACTTCAGGAGGCCTGA AAGCTGGTCATGATATTCTTTGGTTTACATCTCAGAACCAAGGGTGAAAT ATCCCCATTCTGGTACATCGTTATCCCAAAATCATTTATCCCAAGTTTGT GCAAACAGTTATGCTTTATTGTTCCCATCAGTTCAAAGAAAATGCCCCAG ATGATTTCCAGGAGGAAAACTAAAGTATTCAGCCCTGTCTCATCAAATGC CCAGCTCGTTCATGGATGCAAGAATTTTAGACACTGAAATTAGAATGAAG 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GAGAGCGGGCTCAGGTTGCCACAGGCATGGCTGGAGACTAGGAATAGAGC CTTGCTCACTGACCCATTTCATGTCTAGGCTTCCAACTGAGACTACAGTT TCATTACAACCTATATGCGCCCATAGGTCCTGCCTGCGGCAATGACGTCT CTCGGGTCAGTAAGGGGCACTTGGAACAGGAATATCACCCCTATCTGGAA GACCAGGTGGAGGCTTATCACCTTCACAGTAAGGTACTCACTGTCCACGT CAAGAGCCAAGCCAAGGTACTGTTCCTCCAATGAGTAAACAGCACTGCTG TAGGGCTGGCCTAAGTCAGGCAGTTCAAGATAACCTGAAGGAGTCGAATA ACATCTATCCAGTGAGTCCTGCAAGACTTCAGGCTCTTTCTCATCCAGCA GCTCCCTGCTGAGCCTGGAAAAGTAGGAAAAAGTAAAGAATAAGCCAGGG GGAATCAGAAACCACACAGCCCCAGCTAGATTTCATGGCTAACATAAGGA ACTGTTTAAAAAGAAAAAGGACAGATCCGTTAATGAGGTAATGAATTATT GCCTTTATGTTGGGATAGACCAGGGCCAGGTAGAAAAGAATGAAAGAGAA AGACAGGGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGGAGAAAGTGAGCTCAGCGAATT GGCCGGGTGACACACTGATGAAGGGGTCAAAGGACACTCTGAGTTAGTGC CCTCGGGACACACAGCGAACAGTGATCATGAAAAGAGTGGGCTCAATAAT TTTCCATAACCTTGCTCAAGATTCCATGCAGTTGCCATACAGCCTTTGAG GTATGGTCAACCTATAGTAAGTGAGTAAATGATAAGGGGAGGAAGAAATG GAAACCTAAACATCTACTGCAATGAAAACCAACAGCAATGTCAGTAGGAG TAATTCAACCTTCGTTGAAAACATGAAATTGAACACACTCTTGTTTTCCC TGGACCTGGCATCTCCAGGTGTCAACACAGAATTAAGCATCCATAATTGC TCATAGTTACCTGGGGCATGATGGGTCTTGGTCTTCTTCCACTTCTTGGT ACTTTTCAATTTCTGCAATAAGTTCAGACATGGACAGACATATTAAGCTG GTTCTCCTAAACACACATAACAATCCACTGTCTAATCCTCACACAGGGAC TTCAGGCTCCTCAGCATGAGAATAGGACACTGTGAGAGATATTCTTCAGG AGGCATGAAGGCTGATCACCATAGAGATTCCTTGGTTTTTGTCCCAGAAA CTGTGGGTAAAATTCCCTATTCTGGTAGATCGTTATCCCAATATCATTTG TCCCAAGTTTGTGCAAATGGTTATGCCATATTTTTCCAATCGATTTAAAG GAATTGCCCCCAAATGGTTGCTAGGAGAAAAACTGCACTATTCAGCCCTG TCTCATCAAATACTCAGATTGTTCATGGTAGCGAGGATTTCAGACGCTGA AATTAGAGTGAAGGATGAAATCTACAAGATCTACAAAATTGAGACAAAAT CAGAGTTGTGTGAATTTGTCACATCTGCCCAGGTCCAATGTCATGAGAGT AGGATTAGGGCGCCACAGGCATGGCCTGAGACTAGGAAGAGAGCCTTGCT CACTGACCCATCCCTTGTCTGGGCTTCCAAGTGGAACTAGAGTTTCATTC AACCTACATGTGCCTATAGGTCCTCCCTGTGGCAATGACATCTCTCAGCT CAGTAAGGGCCACTTGCAGTAGGAATATGACCCTAACCAGAAGACTCAGT GGATCCTTATCACCTTCATAGAAAGGTACTCACCATCCATGTCAACAGCG AAGCCAACACGCTGTTGCTCCAATACATAAAAGGCACTTCTGTAGGGCTG GCATGAGTCAGTCAGTTCAAGACAACCTGAAGGAGTTGAATAACATCTAT 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