JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	ahapid	alen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	aseq	chr	start	end
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CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
138120673:splice 138120673:variant goto	A4GNT downstream_gene_variant c.3591T>Cothers(3): Show A4GNT downstream_gene_variant c.3591T>Cbr>	A4GNT Adipose_Subcutaneous 3.646 0.837	7 11 23 198	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 others(2): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0006 a0007	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0009 a0001c0012 a0002c0002 others(6): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0009 a0001c0012 a0002c0002 a0002c0004 a0003c0006 a0004c0007 a0005c0008 a0006c0010 a0007c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0003t0001 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0003t0005 a0001c0003t0009 a0001c0003t0010 a0001c0009t0001 a0001c0012t0005 a0002c0002t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0006 a0002c0004t0001 a0002c0004t0006 a0002c0004t0008 a0002c0004t0012 a0003c0006t0001 a0004c0007t0001 a0005c0008t0004 a0006c0010t0002 a0007c0011t0003	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0010 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Haplotype Detail Info [A4GNT_chr3_138118713_138137390>a0001]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer A4GNT_chr3_138118713_138137390

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AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 3)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 0)

GTEx Related Variants (Page 1 of 12 - Total: 1142)