JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [ACP3_chr3_132312407_132363841>a0001]

geneid	55
ensemblid	ENSG00000014257.17
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regionname5000	ACP3_chr3_132312407_132363841

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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	ahapid	alen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	aseq	chr	start	end
ACP3	1/1	a0001	386	357	85	72	142	12	44	subcellular location copy fasta	chr3	132312407	132363841

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pos	annotation hgvs_c hgvs_p	clinvarid	clnsig	geneinfo	mc	clndisdb	strand strand	ahapid ahapid_count	chapid chapid count	thapid thapid_count	ghapid ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	impact	chr	ref	alt	external

CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
chr3:132319212	c.120+1636A>G c.120+1636A>G	Educational attainment (years of education) others(3): Show Educational attainment (years of education)	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0005c0009 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0005c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 others(19): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0001t0016 a0001c0001t0019 a0001c0001t0022 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0030 a0001c0001t0036 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0011 a0001c0002t0018 a0001c0002t0023 a0001c0002t0033 a0001c0002t0034 a0001c0003t0006 a0001c0003t0031 a0001c0003t0032 a0005c0009t0002	a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0002g0031 a0001c0001t0002g0094 others(58): Show a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0002g0031 a0001c0001t0002g0094 a0001c0001t0005g0030 a0001c0001t0005g0105 a0001c0001t0005g0113 a0001c0001t0008g0082 a0001c0001t0009g0010 a0001c0001t0009g0111 a0001c0001t0012g0009 a0001c0001t0012g0079 a0001c0001t0012g0080 a0001c0001t0016g0081 a0001c0001t0016g0084 a0001c0001t0019g0083 a0001c0001t0022g0109 a0001c0001t0027g0098 a0001c0001t0028g0110 a0001c0001t0030g0115 a0001c0001t0036g0074 a0001c0002t0003g0065 a0001c0002t0003g0090 a0001c0002t0003g0095 a0001c0002t0003g0097 a0001c0002t0003g0100 a0001c0002t0003g0107 a0001c0002t0003g0116 a0001c0002t0003g0117 a0001c0002t0004g0063 a0001c0002t0004g0066 a0001c0002t0004g0085 a0001c0002t0004g0086 a0001c0002t0004g0092 a0001c0002t0004g0108 a0001c0002t0011g0089 a0001c0002t0011g0099 a0001c0002t0011g0101 a0001c0002t0018g0062 a0001c0002t0023g0067 a0001c0002t0023g0068 a0001c0002t0033g0106 a0001c0002t0034g0096 a0001c0003t0006g0008 a0001c0003t0006g0017 a0001c0003t0006g0018 a0001c0003t0006g0069 a0001c0003t0006g0070 a0001c0003t0006g0071 a0001c0003t0006g0072 a0001c0003t0006g0073 a0001c0003t0006g0075 a0001c0003t0006g0077 a0001c0003t0006g0078 a0001c0003t0006g0088 a0001c0003t0006g0103 a0001c0003t0006g0104 a0001c0003t0006g0112 a0001c0003t0006g0114 a0001c0003t0031g0076 a0001c0003t0032g0064 a0005c0009t0002g0093	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp2 others(66): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG01106.hp2 HG01167.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01516.hp1 HG01884.hp2 HG01978.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02258.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp2 HG02698.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03239.hp1 HG03486.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03704.hp2 HG04204.hp2 NA18941.hp2 NA18945.hp2 NA18955.hp2 NA18967.hp1 NA18972.hp1 NA18979.hp2 NA18987.hp1 NA18991.hp1 NA18992.hp2 NA18995.hp2 NA18999.hp1 NA19000.hp1 NA19002.hp1 NA19004.hp2 NA19010.hp2 NA19011.hp2 NA19060.hp1 NA19079.hp1 NA19084.hp1 NA19087.hp1 NA19240.hp2 NA20300.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	Leveraging Polygenic Functional Enrichment to Impr others(15): Show Leveraging Polygenic Functional Enrichment to Impr ove GWAS Power.	approximately 455,000 European ancestry individual others(2): Show approximately 455,000 European ancestry individual s/		ACP3	rs11714679-?	+	MODIFIER	chr3	A A	G G
chr3:132312589	c.-4868G>T c.-4868G>T	CAMSIS occupational score (MTAG) 0.011642 others(3): Show CAMSIS occupational score (MTAG) 0.011642714	a0001 a0002 a0005 a0001 a0002 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0002c0004 a0005c0009 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0002c0004 a0005c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 others(23): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 a0001c0001t0016 a0001c0001t0019 a0001c0001t0022 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0030 a0001c0001t0036 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0011 a0001c0002t0018 a0001c0002t0023 a0001c0002t0033 a0001c0002t0034 a0001c0003t0006 a0001c0003t0031 a0001c0003t0032 a0002c0004t0007 a0002c0004t0014 a0005c0009t0002	a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0002g0031 a0001c0001t0002g0094 others(65): Show a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0002g0031 a0001c0001t0002g0094 a0001c0001t0005g0030 a0001c0001t0005g0105 a0001c0001t0005g0113 a0001c0001t0007g0134 a0001c0001t0008g0082 a0001c0001t0009g0010 a0001c0001t0009g0111 a0001c0001t0009g0133 a0001c0001t0012g0009 a0001c0001t0012g0079 a0001c0001t0012g0080 a0001c0001t0014g0136 a0001c0001t0016g0081 a0001c0001t0016g0084 a0001c0001t0019g0083 a0001c0001t0022g0109 a0001c0001t0027g0098 a0001c0001t0028g0110 a0001c0001t0030g0115 a0001c0001t0036g0074 a0001c0002t0003g0065 a0001c0002t0003g0090 a0001c0002t0003g0095 a0001c0002t0003g0097 a0001c0002t0003g0100 a0001c0002t0003g0107 a0001c0002t0003g0116 a0001c0002t0003g0117 a0001c0002t0004g0063 a0001c0002t0004g0066 a0001c0002t0004g0085 a0001c0002t0004g0086 a0001c0002t0004g0092 a0001c0002t0004g0108 a0001c0002t0011g0089 a0001c0002t0011g0099 a0001c0002t0011g0101 a0001c0002t0018g0062 a0001c0002t0023g0067 a0001c0002t0023g0068 a0001c0002t0033g0106 a0001c0002t0034g0096 a0001c0003t0006g0008 a0001c0003t0006g0017 a0001c0003t0006g0018 a0001c0003t0006g0069 a0001c0003t0006g0070 a0001c0003t0006g0071 a0001c0003t0006g0072 a0001c0003t0006g0073 a0001c0003t0006g0075 a0001c0003t0006g0077 a0001c0003t0006g0078 a0001c0003t0006g0088 a0001c0003t0006g0103 a0001c0003t0006g0104 a0001c0003t0006g0112 a0001c0003t0006g0114 a0001c0003t0031g0076 a0001c0003t0032g0064 a0002c0004t0007g0129 a0002c0004t0014g0019 a0002c0004t0014g0135 a0002c0004t0014g0137 a0005c0009t0002g0093	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp2 others(74): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG01106.hp2 HG01167.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01516.hp1 HG01884.hp2 HG01978.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02258.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03239.hp1 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03704.hp2 HG04204.hp2 HG06807.hp1 NA18941.hp2 NA18945.hp2 NA18955.hp2 NA18967.hp1 NA18972.hp1 NA18979.hp2 NA18987.hp1 NA18991.hp1 NA18992.hp2 NA18995.hp2 NA18999.hp1 NA19000.hp1 NA19002.hp1 NA19004.hp2 NA19010.hp2 NA19011.hp2 NA19060.hp1 NA19079.hp1 NA19084.hp1 NA19087.hp1 NA19240.hp2 NA20300.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	Polygenic prediction of occupational status GWAS e others(114): Show Polygenic prediction of occupational status GWAS e lucidates genetic and environmental interplay in i ntergenerational transmission, careers and health in UK Biobank.	273,157 British ancestry individuals/ 273,157 British ancestry individuals/		CPNE4 - ACP3	rs6796421-?	+	MODIFIER	chr3	G G	T T

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [ACP3_chr3_132312407_132363841>a0001]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer ACP3_chr3_132312407_132363841

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 18)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 2)

GTEx Related Variants (Page 1 of 12 - Total: 1116)