JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [ABHD4_chr14_22593300_22617963>a0001c0001]

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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	ahapid	alen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	aseq	chr	start	end
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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	chapid	clen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	cseq	chr	start	end
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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	achapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	clen	cseq	chr	start	end
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chr14:22613020	c.2072C>T c.2072C>T	OTU99_116 (Sutterella) prevalence 0.33472 others(3): Show OTU99_116 (Sutterella) prevalence 0.33472186	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0002t0001 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0006 a0001c0004t0012 a0001c0005t0003	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0046 others(35): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0022 a0001c0001t0003g0029 a0001c0001t0003g0030 a0001c0001t0003g0035 a0001c0001t0003g0039 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0048 a0001c0001t0003g0055 a0001c0001t0003g0073 a0001c0001t0003g0110 a0001c0001t0003g0135 a0001c0001t0003g0166 a0001c0001t0009g0085 a0001c0001t0011g0049 a0001c0002t0001g0118 a0001c0002t0001g0119 a0001c0002t0003g0011 a0001c0002t0003g0033 a0001c0002t0003g0044 a0001c0002t0003g0047 a0001c0002t0003g0051 a0001c0002t0003g0114 a0001c0002t0003g0115 a0001c0002t0003g0121 a0001c0002t0003g0170 a0001c0002t0006g0011 a0001c0002t0006g0044 a0001c0002t0006g0092 a0001c0002t0006g0100 a0001c0002t0006g0109 a0001c0002t0006g0131 a0001c0004t0012g0116 a0001c0005t0003g0102	HG00423.hp2 HG00639.hp1 HG00673.hp1 HG01069.hp1 HG01070.hp2 others(70): Show HG00423.hp2 HG00639.hp1 HG00673.hp1 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01255.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02896.hp2 HG02922.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03579.hp1 HG03669.hp1 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG03942.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG04204.hp2 NA18522.hp2 NA18980.hp1 NA19000.hp1 NA19030.hp2 NA19043.hp2 NA19078.hp2 NA19082.hp2 NA20300.hp2 NA20805.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2	Genome-wide association study in 8,956 German indi others(73): Show Genome-wide association study in 8,956 German indi viduals identifies influence of ABO histo-blood gr oups on gut microbiome.	8,956 German ancestry individuals/ 8,956 German ancestry individuals/		ABHD4 - OR6J1	rs11628990-?	+	MODIFIER	chr14	C C	T T

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [ABHD4_chr14_22593300_22617963>a0001c0001]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer ABHD4_chr14_22593300_22617963

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 1)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 12)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 2)

GTEx Related Variants (Page 1 of 6 - Total: 559)