JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [ACOX2_chr3_58500136_58542190>a0001c0001]

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CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
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chr3:58529839	c.992+627C>A c.992+627C>A	Serum total protein levels 0.021 Serum total protein levels 0.021	a0001 a0002 a0003 a0005 a0007 others(2): Show a0001 a0002 a0003 a0005 a0007 a0008 a0009	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0009 a0001c0016 others(7): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0009 a0001c0016 a0001c0020 a0002c0007 a0003c0012 a0005c0019 a0007c0018 a0008c0017 a0009c0014	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0003t0002 a0001c0004t0001 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0003t0002 a0001c0004t0001 a0001c0009t0001 a0001c0009t0002 a0001c0016t0001 a0001c0020t0001 a0002c0007t0001 a0003c0012t0001 a0005c0019t0002 a0007c0018t0001 a0008c0017t0001 a0009c0014t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 others(202): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
58536675:splice 58536675:variant goto	ACOX2 intron_variant c.-92+444T>A ACOX2 intron_variant c.-92+444T>A	ACOX2 Artery_Aorta 4.692 0.294	9 18 25 289	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 others(4): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0006 a0007 a0008 a0010	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 others(13): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0009 a0001c0016 a0001c0020 a0002c0007 a0003c0010 a0003c0012 a0004c0011 a0005c0019 a0006c0015 a0007c0018 a0008c0017 a0010c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 others(20): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0006 a0001c0003t0002 a0001c0004t0001 a0001c0004t0002 a0001c0005t0001 a0001c0006t0001 a0001c0009t0001 a0001c0009t0002 a0001c0016t0001 a0001c0020t0001 a0002c0007t0001 a0003c0010t0001 a0003c0012t0001 a0004c0011t0001 a0005c0019t0002 a0006c0015t0001 a0007c0018t0001 a0008c0017t0001 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Haplotype Detail Info [ACOX2_chr3_58500136_58542190>a0001c0001]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer ACOX2_chr3_58500136_58542190

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 28)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 5)

GWASCatalog Related Variants (Total: 7)

GTEx Related Variants (Page 1 of 13 - Total: 1266)