JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [AAGAB_chr15_67195667_67259661>a0001c0001t0001]

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men, 6 ,258 African American/Afro-Caribbean ancestry wome n, 2,285 South Asian ancestry men, 506 South Asian ancestry women, 195 Seychellois ancestry men, 266 Seychellois ancestry women	SMAD3	SMAD3 - AAGAB	rs7166081-A	-	MODIFIER	chr15	G G	A A
chr15:67254963	c.-332G>T c.-332G>T	Total body bone mineral density 0.0519 Total body bone mineral density 0.0519	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0002c0002t0001 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 others(1): Show a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0002c0002t0001 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 a0002c0002t0013	a0001c0001t0020g0023 a0001c0001t0021g0025 a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0003g0007 a0002c0002t0003g0008 others(104): Show a0001c0001t0020g0023 a0001c0001t0021g0025 a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0003g0007 a0002c0002t0003g0008 a0002c0002t0003g0132 a0002c0002t0003g0133 a0002c0002t0003g0135 a0002c0002t0003g0136 a0002c0002t0003g0137 a0002c0002t0003g0138 a0002c0002t0003g0139 a0002c0002t0003g0140 a0002c0002t0003g0141 a0002c0002t0003g0142 a0002c0002t0003g0143 a0002c0002t0003g0144 a0002c0002t0003g0145 a0002c0002t0003g0146 a0002c0002t0003g0147 a0002c0002t0003g0148 a0002c0002t0003g0149 a0002c0002t0003g0150 a0002c0002t0003g0152 a0002c0002t0003g0153 a0002c0002t0003g0154 a0002c0002t0003g0155 a0002c0002t0003g0156 a0002c0002t0003g0157 a0002c0002t0003g0159 a0002c0002t0003g0160 a0002c0002t0003g0161 a0002c0002t0003g0162 a0002c0002t0003g0163 a0002c0002t0003g0164 a0002c0002t0003g0165 a0002c0002t0003g0166 a0002c0002t0003g0167 a0002c0002t0003g0168 a0002c0002t0003g0169 a0002c0002t0003g0170 a0002c0002t0003g0171 a0002c0002t0003g0172 a0002c0002t0003g0173 a0002c0002t0003g0174 a0002c0002t0003g0175 a0002c0002t0003g0176 a0002c0002t0003g0177 a0002c0002t0003g0178 a0002c0002t0003g0179 a0002c0002t0003g0180 a0002c0002t0003g0181 a0002c0002t0003g0182 a0002c0002t0003g0183 a0002c0002t0003g0184 a0002c0002t0003g0185 a0002c0002t0003g0186 a0002c0002t0003g0187 a0002c0002t0003g0188 a0002c0002t0003g0189 a0002c0002t0003g0190 a0002c0002t0003g0191 a0002c0002t0003g0192 a0002c0002t0003g0193 a0002c0002t0003g0194 a0002c0002t0003g0195 a0002c0002t0003g0196 a0002c0002t0003g0197 a0002c0002t0003g0198 a0002c0002t0003g0199 a0002c0002t0003g0200 a0002c0002t0003g0201 a0002c0002t0003g0202 a0002c0002t0003g0203 a0002c0002t0003g0205 a0002c0002t0003g0206 a0002c0002t0003g0207 a0002c0002t0003g0208 a0002c0002t0003g0209 a0002c0002t0003g0210 a0002c0002t0003g0211 a0002c0002t0003g0212 a0002c0002t0003g0213 a0002c0002t0003g0214 a0002c0002t0003g0215 a0002c0002t0003g0216 a0002c0002t0003g0217 a0002c0002t0003g0218 a0002c0002t0003g0219 a0002c0002t0003g0220 a0002c0002t0003g0221 a0002c0002t0003g0222 a0002c0002t0003g0223 a0002c0002t0003g0224 a0002c0002t0003g0225 a0002c0002t0003g0226 a0002c0002t0003g0227 a0002c0002t0003g0228 a0002c0002t0003g0229 a0002c0002t0003g0230 a0002c0002t0003g0231 a0002c0002t0003g0239 a0002c0002t0003g0240 a0002c0002t0003g0361 a0002c0002t0007g0130 a0002c0002t0007g0131 a0002c0002t0007g0204 a0002c0002t0013g0134 a0002c0002t0013g0158	HG00280.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 others(106): Show HG00280.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02071.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp2 HG02602.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02922.hp2 HG03139.hp1 HG03491.hp2 HG03710.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp1 HG04204.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18939.hp1 NA18940.hp1 NA18942.hp1 NA18943.hp2 NA18945.hp2 NA18947.hp2 NA18949.hp2 NA18953.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp2 NA18963.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp1 NA18968.hp2 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18971.hp2 NA18977.hp2 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18980.hp1 NA18982.hp1 NA18984.hp2 NA18986.hp1 NA18987.hp1 NA18989.hp1 NA19005.hp2 NA19010.hp2 NA19011.hp1 NA19012.hp1 NA19054.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp1 NA19060.hp2 NA19062.hp1 NA19062.hp2 NA19063.hp1 NA19066.hp2 NA19067.hp1 NA19075.hp2 NA19077.hp2 NA19078.hp1 NA19080.hp1 NA19082.hp2 NA19083.hp2 NA19085.hp2 NA19087.hp1 NA19090.hp1 NA20752.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp2	Life-Course Genome-wide Association Study Meta-ana others(63): Show Life-Course Genome-wide Association Study Meta-ana lysis of Total Body BMD and Assessment of Age-Spec ific Effects.	56,284 European ancestry individuals, up to 1,333 others(62): Show 56,284 European ancestry individuals, up to 1,333 African American individuals, up to 9,328 admixed individuals/	NR	IQCH, AAGAB	rs3743347-A	-	MODIFIER	chr15	C C	A A
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chr15:67254963	c.-332G>T c.-332G>T	FVC or gastro-oesophageal reflux disease (pleiotropy) others(13): Show FVC or gastro-oesophageal reflux disease (pleiotropy)	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0002c0002t0001 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 others(1): Show a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0002c0002t0001 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 a0002c0002t0013	a0001c0001t0020g0023 a0001c0001t0021g0025 a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0003g0007 a0002c0002t0003g0008 others(104): Show a0001c0001t0020g0023 a0001c0001t0021g0025 a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0003g0007 a0002c0002t0003g0008 a0002c0002t0003g0132 a0002c0002t0003g0133 a0002c0002t0003g0135 a0002c0002t0003g0136 a0002c0002t0003g0137 a0002c0002t0003g0138 a0002c0002t0003g0139 a0002c0002t0003g0140 a0002c0002t0003g0141 a0002c0002t0003g0142 a0002c0002t0003g0143 a0002c0002t0003g0144 a0002c0002t0003g0145 a0002c0002t0003g0146 a0002c0002t0003g0147 a0002c0002t0003g0148 a0002c0002t0003g0149 a0002c0002t0003g0150 a0002c0002t0003g0152 a0002c0002t0003g0153 a0002c0002t0003g0154 a0002c0002t0003g0155 a0002c0002t0003g0156 a0002c0002t0003g0157 a0002c0002t0003g0159 a0002c0002t0003g0160 a0002c0002t0003g0161 a0002c0002t0003g0162 a0002c0002t0003g0163 a0002c0002t0003g0164 a0002c0002t0003g0165 a0002c0002t0003g0166 a0002c0002t0003g0167 a0002c0002t0003g0168 a0002c0002t0003g0169 a0002c0002t0003g0170 a0002c0002t0003g0171 a0002c0002t0003g0172 a0002c0002t0003g0173 a0002c0002t0003g0174 a0002c0002t0003g0175 a0002c0002t0003g0176 a0002c0002t0003g0177 a0002c0002t0003g0178 a0002c0002t0003g0179 a0002c0002t0003g0180 a0002c0002t0003g0181 a0002c0002t0003g0182 a0002c0002t0003g0183 a0002c0002t0003g0184 a0002c0002t0003g0185 a0002c0002t0003g0186 a0002c0002t0003g0187 a0002c0002t0003g0188 a0002c0002t0003g0189 a0002c0002t0003g0190 a0002c0002t0003g0191 a0002c0002t0003g0192 a0002c0002t0003g0193 a0002c0002t0003g0194 a0002c0002t0003g0195 a0002c0002t0003g0196 a0002c0002t0003g0197 a0002c0002t0003g0198 a0002c0002t0003g0199 a0002c0002t0003g0200 a0002c0002t0003g0201 a0002c0002t0003g0202 a0002c0002t0003g0203 a0002c0002t0003g0205 a0002c0002t0003g0206 a0002c0002t0003g0207 a0002c0002t0003g0208 a0002c0002t0003g0209 a0002c0002t0003g0210 a0002c0002t0003g0211 a0002c0002t0003g0212 a0002c0002t0003g0213 a0002c0002t0003g0214 a0002c0002t0003g0215 a0002c0002t0003g0216 a0002c0002t0003g0217 a0002c0002t0003g0218 a0002c0002t0003g0219 a0002c0002t0003g0220 a0002c0002t0003g0221 a0002c0002t0003g0222 a0002c0002t0003g0223 a0002c0002t0003g0224 a0002c0002t0003g0225 a0002c0002t0003g0226 a0002c0002t0003g0227 a0002c0002t0003g0228 a0002c0002t0003g0229 a0002c0002t0003g0230 a0002c0002t0003g0231 a0002c0002t0003g0239 a0002c0002t0003g0240 a0002c0002t0003g0361 a0002c0002t0007g0130 a0002c0002t0007g0131 a0002c0002t0007g0204 a0002c0002t0013g0134 a0002c0002t0013g0158	HG00280.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 others(106): Show HG00280.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02071.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp2 HG02602.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02922.hp2 HG03139.hp1 HG03491.hp2 HG03710.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp1 HG04204.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18939.hp1 NA18940.hp1 NA18942.hp1 NA18943.hp2 NA18945.hp2 NA18947.hp2 NA18949.hp2 NA18953.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp2 NA18963.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp1 NA18968.hp2 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18971.hp2 NA18977.hp2 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18980.hp1 NA18982.hp1 NA18984.hp2 NA18986.hp1 NA18987.hp1 NA18989.hp1 NA19005.hp2 NA19010.hp2 NA19011.hp1 NA19012.hp1 NA19054.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp1 NA19060.hp2 NA19062.hp1 NA19062.hp2 NA19063.hp1 NA19066.hp2 NA19067.hp1 NA19075.hp2 NA19077.hp2 NA19078.hp1 NA19080.hp1 NA19082.hp2 NA19083.hp2 NA19085.hp2 NA19087.hp1 NA19090.hp1 NA20752.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp2	Genetic and observational associations of lung fun others(93): Show Genetic and observational associations of lung fun ction with gastrointestinal tract diseases: pleiot ropic and mendelian randomization analysis.	400,102 European ancestry individuals with FVC mea others(82): Show 400,102 European ancestry individuals with FVC mea surement, 77,721 European ancestry GORD cases, 693 ,729 European ancestry controls/		IQCH, AAGAB	rs3743347-?	-	MODIFIER	chr15	C C	A A
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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI (joint analysis main effects and smoking interaction) others(50): Show Waist circumference adjusted for BMI (joint analysis main effects and smoking interaction)	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers others(17): Show Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers 0.0241	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 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men, 1,020 Indian Asian ancestry women, 6,691 Indi an Asian ancestry men, 1,526 Filipino ancestry wom en, 2,469 Hispanic/Latino ancestry women, 1,318 Hi spanic/Latino ancestry men/16,011 European ancestr y women, 17,912 European ancestry men, 105,218 Eur opean ancestry individuals, 2,073 African American /Afro-Caribbean ancestry women, 647 African Americ an/Afro-Caribbean ancestry men	SMAD3	SMAD3 - AAGAB	rs7166081-A	-	MODIFIER	chr15	G G	A A
chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers others(17): Show Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers 0.0311	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI (adjusted for smoking behaviour) others(35): Show Waist circumference adjusted for BMI (adjusted for smoking behaviour) 0.0266	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [AAGAB_chr15_67195667_67259661>a0001c0001t0001]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer AAGAB_chr15_67195667_67259661

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CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 2)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 18)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 6)

GWASCatalog Related Variants (Total: 22)

GTEx Related Variants (Page 1 of 26 - Total: 2522)