JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [ADAM18_chr8_39579568_39735065>a0001c0001t0001]

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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	chapid	clen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	cseq	chr	start	end
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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	achapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	clen	cseq	chr	start	end
ADAM18	0/0	a0001c0001	148	18	32	84	4	10	2220	copy fasta	chr8	39579568	39735065

genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	acthapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tlen	tseq	chr	start	end
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CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
chr8:39690859	c.1822-1741C>T c.1822-1741C>T	HIV-1 susceptibility HIV-1 susceptibility	a0001 a0002 a0003 a0004 a0008 others(3): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0008 a0009 a0011 a0013	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0010 others(10): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0010 a0001c0012 a0002c0003 a0003c0004 a0004c0005 a0004c0019 a0004c0022 a0008c0024 a0009c0023 a0011c0021 a0013c0017	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0007t0001 a0001c0008t0003 a0001c0010t0001 others(11): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0007t0001 a0001c0008t0003 a0001c0010t0001 a0001c0012t0001 a0002c0003t0001 a0003c0004t0001 a0003c0004t0002 a0004c0005t0001 a0004c0019t0001 a0004c0022t0001 a0008c0024t0001 a0009c0023t0001 a0011c0021t0001 a0013c0017t0001	a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 others(177): Show a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [ADAM18_chr8_39579568_39735065>a0001c0001t0001]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer ADAM18_chr8_39579568_39735065

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 0)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 38)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 2)

GTEx Related Variants (Page 1 of 3 - Total: 255)