JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [AAR2_chr20_36231478_36261933>a0001c0001t0001g0008]

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tanning ancestry controls	NR	AAR2	rs2425192-A	+	MODIFIER	chr20	A A	G G
chr20:36261389	c.5644G>A c.5644G>A	Shoulder impingement syndrome 0.859708 Shoulder impingement syndrome 0.859708	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0007 a0003c0009 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0007 a0003c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0002t0001 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0007 a0001c0002t0011 a0001c0004t0005 a0001c0007t0002 a0003c0009t0010	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0008 others(106): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0029 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Association Analysis Identified ANXA1 Associated with Shoulder Impingement Syndrome in U K Biobank Samples.	7,252 European ancestry individuals/ 7,252 European ancestry individuals/		AAR2	rs2104009-G	+	MODIFIER	chr20	G G	A A

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
36242663:splice 36242663:variant goto	AAR2 intron_variant c.758-2034A>G AAR2 intron_variant c.758-2034A>G	CPNE1 Esophagus_Mucosa 3.644 -0.288	4 9 18 193	a0001 a0002 a0003 a0004 a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0007 a0002c0006 a0003c0009 a0004c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 others(13): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0007 a0001c0002t0011 a0001c0003t0001 a0001c0004t0005 a0001c0005t0001 a0001c0007t0002 a0002c0006t0001 a0003c0009t0010 a0004c0008t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 others(188): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 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Haplotype Detail Info [AAR2_chr20_36231478_36261933>a0001c0001t0001g0008]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer AAR2_chr20_36231478_36261933

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 0)

GVariants in Genebody level Haplotype (Total: 2)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 6)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 2)

GTEx Related Variants (Page 1 of 1 - Total: 28)