JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [AADACL4_chr1_12639085_12672076>a0001c0001t0001g0047]

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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	achapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	clen	cseq	chr	start	end
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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	acthapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tlen	tseq	chr	start	end
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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	actghapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	chr	start	end
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CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
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12657396:splice 12657396:variant goto	AADACL4 intron_variant c.386-4395G>A AADACL4 intron_variant c.386-4395G>A	MIIP Artery_Tibial 3.917 -0.345	1 3 5 22	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0003t0009 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0003t0009	a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0047 others(17): Show a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0259 a0001c0001t0002g0063 a0001c0002t0001g0227 a0001c0002t0001g0228 a0001c0002t0004g0051 a0001c0002t0004g0052 a0001c0002t0004g0053 a0001c0002t0004g0054 a0001c0002t0004g0055 a0001c0002t0004g0056 a0001c0003t0009g0046	HG01175.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp1 others(17): Show HG01175.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp1 HG02145.hp1 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03453.hp2 HG03579.hp2 HG06807.hp2 NA18906.hp2 NA20129.hp2	0.018	25	25	10	chr1_12657396_G_A_b38	+	MODIFIER	chr1	G G	A A	TogoVar
12654860:splice 12654860:variant goto	AADACL4 intron_variant c.385+3525dupG AADACL4 intron_variant c.385+3525dupG	MTHFR Adipose_Visceral_Omentum 4.223 -0.507	1 3 5 22	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0003t0009 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0003t0009	a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0047 others(17): Show a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0259 a0001c0001t0002g0058 a0001c0001t0002g0063 a0001c0002t0001g0227 a0001c0002t0001g0228 a0001c0002t0004g0051 a0001c0002t0004g0052 a0001c0002t0004g0053 a0001c0002t0004g0054 a0001c0002t0004g0055 a0001c0002t0004g0056 a0001c0003t0009g0046	HG01175.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp1 others(17): Show HG01175.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp1 HG02145.hp1 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03579.hp2 HG06807.hp2 NA18906.hp2 NA20129.hp2	0.013	15	15	10	chr1_12654860_A_AG_b38	+	MODIFIER	chr1	A A	AG AG	TogoVar

Haplotype Detail Info [AADACL4_chr1_12639085_12672076>a0001c0001t0001g0047]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer AADACL4_chr1_12639085_12672076

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 0)

GVariants in Genebody level Haplotype (Total: 44)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 6)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 1)

GTEx Related Variants (Page 1 of 1 - Total: 8)