JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [AAGAB_chr15_67195667_67259661>a0001c0001t0002]

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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Eosinophil counts Eosinophil counts	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI (joint analysis main effects and smoking interaction) others(50): Show Waist circumference adjusted for BMI (joint analysis main effects and smoking interaction)	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers others(17): Show Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers 0.0241	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 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men, 1,020 Indian Asian ancestry women, 6,691 Indi an Asian ancestry men, 1,526 Filipino ancestry wom en, 2,469 Hispanic/Latino ancestry women, 1,318 Hi spanic/Latino ancestry men/16,011 European ancestr y women, 17,912 European ancestry men, 105,218 Eur opean ancestry individuals, 2,073 African American /Afro-Caribbean ancestry women, 647 African Americ an/Afro-Caribbean ancestry men	SMAD3	SMAD3 - AAGAB	rs7166081-A	-	MODIFIER	chr15	G G	A A
chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers others(17): Show Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers 0.0311	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI (adjusted for smoking behaviour) others(35): Show Waist circumference adjusted for BMI (adjusted for smoking behaviour) 0.0266	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [AAGAB_chr15_67195667_67259661>a0001c0001t0002]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer AAGAB_chr15_67195667_67259661

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CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 1)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 18)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 6)

GWASCatalog Related Variants (Total: 17)

GTEx Related Variants (Page 1 of 18 - Total: 1723)