JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [AATF_chr17_36943954_37061871>a0001c0002]

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genename	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	achapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	clen	cseq	chr	start	end
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CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
chr17:36949012	c.-114G>C c.-114G>C	Obesity-related traits 0.02 Obesity-related traits 0.02	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005	a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0005 others(56): Show a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0008 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0113 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0115 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0144 a0001c0001t0002g0145 a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0148 a0001c0001t0002g0149 a0001c0001t0002g0150 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0002g0216 a0001c0001t0002g0219 a0001c0002t0002g0109 a0001c0002t0002g0127 a0001c0002t0002g0128 a0001c0002t0002g0129 a0001c0002t0002g0130 a0001c0002t0002g0131 a0001c0002t0002g0133 a0001c0002t0002g0135 a0001c0002t0002g0136 a0001c0002t0002g0137 a0001c0002t0002g0138 a0001c0002t0002g0140 a0001c0002t0002g0141 a0001c0002t0002g0142 a0001c0002t0002g0152 a0001c0002t0002g0155 a0001c0002t0002g0235 a0001c0002t0002g0236 a0001c0002t0002g0237 a0001c0002t0002g0238 a0001c0002t0002g0239 a0001c0002t0002g0240 a0001c0002t0002g0241 a0001c0002t0005g0117 a0001c0002t0005g0126 a0001c0002t0005g0132 a0001c0002t0005g0134 a0001c0002t0005g0139	HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00544.hp2 others(57): Show HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00735.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01175.hp1 HG01257.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG02027.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp2 HG02630.hp2 HG02738.hp1 HG03239.hp1 HG03491.hp1 HG03654.hp2 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp2 HG04228.hp1 NA18940.hp2 NA18943.hp2 NA18945.hp1 NA18950.hp1 NA18950.hp2 NA18963.hp2 NA18983.hp1 NA18985.hp1 NA18986.hp1 NA18989.hp1 NA18994.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp1 NA19054.hp2 NA19056.hp1 NA19056.hp2 NA19057.hp2 NA19070.hp2 NA19075.hp2 NA19082.hp1 NA19084.hp2 NA19088.hp1 NA19088.hp2 NA20905.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	Novel genetic loci identified for the pathophysiol others(52): Show Novel genetic loci identified for the pathophysiol ogy of childhood obesity in the Hispanic populatio n.	815 Hispanic children from 263 families/ 815 Hispanic children from 263 families/	AATF	AATF	rs2306658-G	+	MODIFIER	chr17	G G	C C
chr17:36949012	c.-114G>C c.-114G>C	Obesity-related traits 0.03 Obesity-related traits 0.03	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005	a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0005 others(56): Show a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0008 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0113 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0115 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0144 a0001c0001t0002g0145 a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0148 a0001c0001t0002g0149 a0001c0001t0002g0150 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0002g0216 a0001c0001t0002g0219 a0001c0002t0002g0109 a0001c0002t0002g0127 a0001c0002t0002g0128 a0001c0002t0002g0129 a0001c0002t0002g0130 a0001c0002t0002g0131 a0001c0002t0002g0133 a0001c0002t0002g0135 a0001c0002t0002g0136 a0001c0002t0002g0137 a0001c0002t0002g0138 a0001c0002t0002g0140 a0001c0002t0002g0141 a0001c0002t0002g0142 a0001c0002t0002g0152 a0001c0002t0002g0155 a0001c0002t0002g0235 a0001c0002t0002g0236 a0001c0002t0002g0237 a0001c0002t0002g0238 a0001c0002t0002g0239 a0001c0002t0002g0240 a0001c0002t0002g0241 a0001c0002t0005g0117 a0001c0002t0005g0126 a0001c0002t0005g0132 a0001c0002t0005g0134 a0001c0002t0005g0139	HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00544.hp2 others(57): Show HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00735.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01175.hp1 HG01257.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG02027.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp2 HG02630.hp2 HG02738.hp1 HG03239.hp1 HG03491.hp1 HG03654.hp2 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp2 HG04228.hp1 NA18940.hp2 NA18943.hp2 NA18945.hp1 NA18950.hp1 NA18950.hp2 NA18963.hp2 NA18983.hp1 NA18985.hp1 NA18986.hp1 NA18989.hp1 NA18994.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp1 NA19054.hp2 NA19056.hp1 NA19056.hp2 NA19057.hp2 NA19070.hp2 NA19075.hp2 NA19082.hp1 NA19084.hp2 NA19088.hp1 NA19088.hp2 NA20905.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	Novel genetic loci identified for the pathophysiol others(52): Show Novel genetic loci identified for the pathophysiol ogy of childhood obesity in the Hispanic populatio n.	815 Hispanic children from 263 families/ 815 Hispanic children from 263 families/	AATF	AATF	rs2306658-G	+	MODIFIER	chr17	G G	C C

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Haplotype Detail Info [AATF_chr17_36943954_37061871>a0001c0002]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer AATF_chr17_36943954_37061871

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 1)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 22)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 2)

GTEx Related Variants (Page 1 of 2 - Total: 131)