JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
chr16:70275334	c.479+1152C>T c.479+1152C>T	Body mass index Body mass index	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 others(34): Show a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 a0001c0002t0001g0162 a0001c0002t0001g0177 a0001c0002t0001g0185 a0001c0002t0001g0190 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0192 a0001c0002t0001g0193 a0001c0002t0001g0194 a0001c0002t0001g0195 a0001c0002t0001g0196 a0001c0002t0001g0197 a0001c0002t0001g0198 a0001c0002t0001g0199 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0208 a0001c0002t0001g0209 a0001c0002t0001g0210 a0001c0002t0001g0211 a0001c0002t0001g0213 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0230 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0234 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0290 a0001c0002t0001g0307 a0001c0002t0001g0326	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 others(35): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01928.hp1 HG02080.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18947.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18960.hp2 NA18965.hp2 NA18983.hp1 NA18994.hp1 NA18997.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp2 NA19062.hp1 NA19068.hp1 NA19078.hp2 NA19079.hp2	Leveraging Polygenic Functional Enrichment to Impr others(15): Show Leveraging Polygenic Functional Enrichment to Impr ove GWAS Power.	approximately 458,000 European ancestry individual others(2): Show approximately 458,000 European ancestry individual s/		AARS1	rs12149660-?	-	MODIFIER	chr16	G G	A A
chr16:70275334	c.479+1152C>T c.479+1152C>T	Adult body size 0.0162176 Adult body size 0.0162176	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 others(34): Show a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 a0001c0002t0001g0162 a0001c0002t0001g0177 a0001c0002t0001g0185 a0001c0002t0001g0190 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0192 a0001c0002t0001g0193 a0001c0002t0001g0194 a0001c0002t0001g0195 a0001c0002t0001g0196 a0001c0002t0001g0197 a0001c0002t0001g0198 a0001c0002t0001g0199 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0208 a0001c0002t0001g0209 a0001c0002t0001g0210 a0001c0002t0001g0211 a0001c0002t0001g0213 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0230 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0234 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0290 a0001c0002t0001g0307 a0001c0002t0001g0326	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 others(35): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01928.hp1 HG02080.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18947.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18960.hp2 NA18965.hp2 NA18983.hp1 NA18994.hp1 NA18997.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp2 NA19062.hp1 NA19068.hp1 NA19078.hp2 NA19079.hp2	Use of genetic variation to separate the effects o others(80): Show Use of genetic variation to separate the effects o f early and later life adiposity on disease risk: mendelian randomisation study.	453,169 European ancestry individuals/ 453,169 European ancestry individuals/	AARS	AARS1	rs12149660-G	-	MODIFIER	chr16	G G	A A
chr16:70275334	c.479+1152C>T c.479+1152C>T	Leucine levels 10.027 Leucine levels 10.027	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 others(34): Show a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 a0001c0002t0001g0162 a0001c0002t0001g0177 a0001c0002t0001g0185 a0001c0002t0001g0190 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0192 a0001c0002t0001g0193 a0001c0002t0001g0194 a0001c0002t0001g0195 a0001c0002t0001g0196 a0001c0002t0001g0197 a0001c0002t0001g0198 a0001c0002t0001g0199 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0208 a0001c0002t0001g0209 a0001c0002t0001g0210 a0001c0002t0001g0211 a0001c0002t0001g0213 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0230 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0234 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0290 a0001c0002t0001g0307 a0001c0002t0001g0326	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 others(35): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01928.hp1 HG02080.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18947.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18960.hp2 NA18965.hp2 NA18983.hp1 NA18994.hp1 NA18997.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp2 NA19062.hp1 NA19068.hp1 NA19078.hp2 NA19079.hp2	A cross-platform approach identifies genetic regul others(37): Show A cross-platform approach identifies genetic regul ators of human metabolism and health.	86,351 Caucasian ancestry individuals/ 86,351 Caucasian ancestry individuals/		AARS1	rs12149660-G	-	MODIFIER	chr16	G G	A A
chr16:70275334	c.479+1152C>T c.479+1152C>T	Isoleucine levels 9.492 Isoleucine levels 9.492	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 others(34): Show a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 a0001c0002t0001g0162 a0001c0002t0001g0177 a0001c0002t0001g0185 a0001c0002t0001g0190 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0192 a0001c0002t0001g0193 a0001c0002t0001g0194 a0001c0002t0001g0195 a0001c0002t0001g0196 a0001c0002t0001g0197 a0001c0002t0001g0198 a0001c0002t0001g0199 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0208 a0001c0002t0001g0209 a0001c0002t0001g0210 a0001c0002t0001g0211 a0001c0002t0001g0213 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0230 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0234 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0290 a0001c0002t0001g0307 a0001c0002t0001g0326	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 others(35): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01928.hp1 HG02080.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18947.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18960.hp2 NA18965.hp2 NA18983.hp1 NA18994.hp1 NA18997.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp2 NA19062.hp1 NA19068.hp1 NA19078.hp2 NA19079.hp2	A cross-platform approach identifies genetic regul others(37): Show A cross-platform approach identifies genetic regul ators of human metabolism and health.	86,404 Caucasian ancestry individuals/ 86,404 Caucasian ancestry individuals/		AARS1	rs12149660-G	-	MODIFIER	chr16	G G	A A
chr16:70275334	c.479+1152C>T c.479+1152C>T	Valine levels 9.484 Valine levels 9.484	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 others(34): Show a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 a0001c0002t0001g0162 a0001c0002t0001g0177 a0001c0002t0001g0185 a0001c0002t0001g0190 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0192 a0001c0002t0001g0193 a0001c0002t0001g0194 a0001c0002t0001g0195 a0001c0002t0001g0196 a0001c0002t0001g0197 a0001c0002t0001g0198 a0001c0002t0001g0199 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0208 a0001c0002t0001g0209 a0001c0002t0001g0210 a0001c0002t0001g0211 a0001c0002t0001g0213 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0230 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0234 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0290 a0001c0002t0001g0307 a0001c0002t0001g0326	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 others(35): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01928.hp1 HG02080.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18947.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18960.hp2 NA18965.hp2 NA18983.hp1 NA18994.hp1 NA18997.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp2 NA19062.hp1 NA19068.hp1 NA19078.hp2 NA19079.hp2	A cross-platform approach identifies genetic regul others(37): Show A cross-platform approach identifies genetic regul ators of human metabolism and health.	85,641 Caucasian ancestry individuals/ 85,641 Caucasian ancestry individuals/		AARS1	rs12149660-G	-	MODIFIER	chr16	G G	A A
chr16:70275334	c.479+1152C>T c.479+1152C>T	Valine levels 0.0907 Valine levels 0.0907	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 others(34): Show a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 a0001c0002t0001g0162 a0001c0002t0001g0177 a0001c0002t0001g0185 a0001c0002t0001g0190 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0192 a0001c0002t0001g0193 a0001c0002t0001g0194 a0001c0002t0001g0195 a0001c0002t0001g0196 a0001c0002t0001g0197 a0001c0002t0001g0198 a0001c0002t0001g0199 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0208 a0001c0002t0001g0209 a0001c0002t0001g0210 a0001c0002t0001g0211 a0001c0002t0001g0213 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0230 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0234 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0290 a0001c0002t0001g0307 a0001c0002t0001g0326	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 others(35): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01928.hp1 HG02080.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18947.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18960.hp2 NA18965.hp2 NA18983.hp1 NA18994.hp1 NA18997.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp2 NA19062.hp1 NA19068.hp1 NA19078.hp2 NA19079.hp2	Genome-wide characterization of circulating metabo others(15): Show Genome-wide characterization of circulating metabo lic biomarkers.	4,435 East Asian ancestry individuals, 11,340 Sout others(68): Show 4,435 East Asian ancestry individuals, 11,340 Sout h Asian ancestry individuals, 120,241 European anc estry individuals/		AARS1	rs12149660-A	-	MODIFIER	chr16	G G	A A
chr16:70275334	c.479+1152C>T c.479+1152C>T	Body mass index Body mass index	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 others(34): Show a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0161 a0001c0002t0001g0162 a0001c0002t0001g0177 a0001c0002t0001g0185 a0001c0002t0001g0190 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0192 a0001c0002t0001g0193 a0001c0002t0001g0194 a0001c0002t0001g0195 a0001c0002t0001g0196 a0001c0002t0001g0197 a0001c0002t0001g0198 a0001c0002t0001g0199 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0208 a0001c0002t0001g0209 a0001c0002t0001g0210 a0001c0002t0001g0211 a0001c0002t0001g0213 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0230 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0234 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0290 a0001c0002t0001g0307 a0001c0002t0001g0326	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 others(35): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01928.hp1 HG02080.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18947.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18960.hp2 NA18965.hp2 NA18983.hp1 NA18994.hp1 NA18997.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp1 NA19010.hp2 NA19055.hp2 NA19058.hp2 NA19062.hp1 NA19068.hp1 NA19078.hp2 NA19079.hp2	Shared Genetic and Experimental Links between Obes others(53): Show Shared Genetic and Experimental Links between Obes ity-Related Traits and Asthma Subtypes in UK Bioba nk.	457,822 European ancestry individuals/ 457,822 European ancestry individuals/	NR	AARS1	rs12149660-?	-	MODIFIER	chr16	G G	A A

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [AARS1_chr16_70247298_70294506>a0001c0002t0001g0156]

🧬 Gene Summary

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AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

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TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 39)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 4)

GWASCatalog Related Variants (Total: 7)

GTEx Related Variants (Page 1 of 5 - Total: 432)