JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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multivariate genome-wide association s others(76): Show Vertex-wise multivariate genome-wide association s tudy identifies 780 unique genetic loci associated with cortical morphology.	35,657 White British ancestry individuals/ 35,657 White British ancestry individuals/	NR	A2M	rs226415-T	-	MODIFIER	chr12	C C	T T

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
9101298:splice 9101298:variant goto	A2M intron_variant c.1495-91G>A A2M intron_variant c.1495-91G>A	KLRG1 Adipose_Visceral_Omentum 6.234 0.402	15 25 27 251	a0001 a0002 a0003 a0004 a0006 others(10): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0006 a0007 a0008 a0009 a0010 a0011 a0012 a0013 a0014 a0015 a0016	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0009 a0001c0011 others(20): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0009 a0001c0011 a0001c0015 a0001c0017 a0001c0021 a0001c0022 a0001c0026 a0002c0002 a0002c0010 a0003c0004 a0004c0006 a0006c0008 a0007c0027 a0008c0025 a0009c0012 a0010c0023 a0011c0024 a0012c0014 a0013c0016 a0014c0019 a0015c0020 a0016c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0003t0002 a0001c0005t0002 others(22): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0003t0002 a0001c0005t0002 a0001c0009t0002 a0001c0011t0001 a0001c0015t0002 a0001c0017t0001 a0001c0021t0002 a0001c0022t0002 a0001c0026t0001 a0002c0002t0002 a0002c0010t0002 a0003c0004t0001 a0004c0006t0001 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Haplotype Detail Info [A2M_chr12_9062708_9120919>a0001c0003t0002]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer A2M_chr12_9062708_9120919

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CVariants in Coding level Haplotype (Total: 1)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 1)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 70)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 3)

GWASCatalog Related Variants (Total: 1)

GTEx Related Variants (Page 1 of 19 - Total: 1818)