JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
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chr2:69586326	c.164-29348A>G c.164-29348A>G	Gout 1.0955976 Gout 1.0955976	a0001 a0002 a0003 a0004 a0007 a0001 a0002 a0003 a0004 a0007	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0008 a0001c0026 others(4): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0008 a0001c0026 a0002c0005 a0003c0014 a0004c0012 a0007c0017	a0001c0001t0007 a0001c0001t0037 a0001c0001t0077 a0001c0004t0017 a0001c0004t0067 others(10): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0037 a0001c0001t0077 a0001c0004t0017 a0001c0004t0067 a0001c0004t0068 a0001c0004t0070 a0001c0004t0071 a0001c0006t0016 a0001c0008t0069 a0001c0026t0152 a0002c0005t0040 a0003c0014t0025 a0004c0012t0061 a0007c0017t0066	a0001c0001t0007g0081 a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0077g0072 a0001c0004t0017g0073 a0001c0004t0017g0075 others(13): Show a0001c0001t0007g0081 a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0077g0072 a0001c0004t0017g0073 a0001c0004t0017g0075 a0001c0004t0017g0078 a0001c0004t0067g0077 a0001c0004t0068g0079 a0001c0004t0070g0071 a0001c0004t0071g0074 a0001c0006t0016g0017 a0001c0008t0069g0102 a0001c0026t0152g0295 a0002c0005t0040g0006 a0003c0014t0025g0285 a0003c0014t0025g0286 a0004c0012t0061g0067 a0007c0017t0066g0076	HG00099.hp2 HG01255.hp1 HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp2 others(13): Show HG00099.hp2 HG01255.hp1 HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp2 HG02572.hp1 HG02630.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02818.hp2 HG03041.hp2 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03540.hp2 HG06807.hp1 NA18950.hp2 NA19240.hp1	A genome-wide association analysis reveals new pat others(25): Show A genome-wide association analysis reveals new pat hogenic pathways in gout.	77,627 European ancestry cases, 933,894 European a others(17): Show 77,627 European ancestry cases, 933,894 European a ncestry controls/		AAK1	rs12987661-T	-	MODIFIER	chr2	T T	C C
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chr2:69586326	c.164-29348A>G c.164-29348A>G	Hematocrit 0.019212916 Hematocrit 0.019212916	a0001 a0002 a0003 a0004 a0007 a0001 a0002 a0003 a0004 a0007	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0008 a0001c0026 others(4): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0008 a0001c0026 a0002c0005 a0003c0014 a0004c0012 a0007c0017	a0001c0001t0007 a0001c0001t0037 a0001c0001t0077 a0001c0004t0017 a0001c0004t0067 others(10): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0037 a0001c0001t0077 a0001c0004t0017 a0001c0004t0067 a0001c0004t0068 a0001c0004t0070 a0001c0004t0071 a0001c0006t0016 a0001c0008t0069 a0001c0026t0152 a0002c0005t0040 a0003c0014t0025 a0004c0012t0061 a0007c0017t0066	a0001c0001t0007g0081 a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0077g0072 a0001c0004t0017g0073 a0001c0004t0017g0075 others(13): Show a0001c0001t0007g0081 a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0077g0072 a0001c0004t0017g0073 a0001c0004t0017g0075 a0001c0004t0017g0078 a0001c0004t0067g0077 a0001c0004t0068g0079 a0001c0004t0070g0071 a0001c0004t0071g0074 a0001c0006t0016g0017 a0001c0008t0069g0102 a0001c0026t0152g0295 a0002c0005t0040g0006 a0003c0014t0025g0285 a0003c0014t0025g0286 a0004c0012t0061g0067 a0007c0017t0066g0076	HG00099.hp2 HG01255.hp1 HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp2 others(13): Show HG00099.hp2 HG01255.hp1 HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp2 HG02572.hp1 HG02630.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02818.hp2 HG03041.hp2 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03540.hp2 HG06807.hp1 NA18950.hp2 NA19240.hp1	The Polygenic and Monogenic Basis of Blood Traits others(13): Show The Polygenic and Monogenic Basis of Blood Traits and Diseases.	408,112 British individuals/ 408,112 British individuals/	AAK1	AAK1	rs12987661-C	-	MODIFIER	chr2	T T	C C
chr2:69586326	c.164-29348A>G c.164-29348A>G	Hemoglobin 0.0201188 Hemoglobin 0.0201188	a0001 a0002 a0003 a0004 a0007 a0001 a0002 a0003 a0004 a0007	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0008 a0001c0026 others(4): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0008 a0001c0026 a0002c0005 a0003c0014 a0004c0012 a0007c0017	a0001c0001t0007 a0001c0001t0037 a0001c0001t0077 a0001c0004t0017 a0001c0004t0067 others(10): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0037 a0001c0001t0077 a0001c0004t0017 a0001c0004t0067 a0001c0004t0068 a0001c0004t0070 a0001c0004t0071 a0001c0006t0016 a0001c0008t0069 a0001c0026t0152 a0002c0005t0040 a0003c0014t0025 a0004c0012t0061 a0007c0017t0066	a0001c0001t0007g0081 a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0077g0072 a0001c0004t0017g0073 a0001c0004t0017g0075 others(13): Show a0001c0001t0007g0081 a0001c0001t0037g0009 a0001c0001t0077g0072 a0001c0004t0017g0073 a0001c0004t0017g0075 a0001c0004t0017g0078 a0001c0004t0067g0077 a0001c0004t0068g0079 a0001c0004t0070g0071 a0001c0004t0071g0074 a0001c0006t0016g0017 a0001c0008t0069g0102 a0001c0026t0152g0295 a0002c0005t0040g0006 a0003c0014t0025g0285 a0003c0014t0025g0286 a0004c0012t0061g0067 a0007c0017t0066g0076	HG00099.hp2 HG01255.hp1 HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp2 others(13): Show HG00099.hp2 HG01255.hp1 HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp2 HG02572.hp1 HG02630.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02818.hp2 HG03041.hp2 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03540.hp2 HG06807.hp1 NA18950.hp2 NA19240.hp1	The Polygenic and Monogenic Basis of Blood Traits others(13): Show The Polygenic and Monogenic Basis of Blood Traits and Diseases.	408,112 British individuals/ 408,112 British individuals/	AAK1	AAK1	rs12987661-C	-	MODIFIER	chr2	T T	C C
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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [AAK1_chr2_69452997_69648739>a0001c0006]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer AAK1_chr2_69452997_69648739

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 1)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 1)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 42)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 32)

GTEx Related Variants (Page 1 of 22 - Total: 2152)