JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [A2M_chr12_9062708_9120919>a0002c0002t0002]

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pos	annotation hgvs_c hgvs_p	clinvarid	clnsig	geneinfo	mc	clndisdb	strand strand	ahapid ahapid_count	chapid chapid count	thapid thapid_count	ghapid ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	impact	chr	ref	alt	external
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CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
chr12:9102864	c.1267-1190A>G c.1267-1190A>G	Adolescent idiopathic scoliosis Adolescent idiopathic scoliosis	a0002 a0002	a0002c0002 a0002c0002	a0002c0002t0002 a0002c0002t0002	a0002c0002t0002g0038 a0002c0002t0002g0038	HG01993.hp2 HG01993.hp2	The coexistence of copy number variations (CNVs) a others(141): Show The coexistence of copy number variations (CNVs) a nd single nucleotide polymorphisms (SNPs) at a loc us can result in distorted calculations of the sig nificance in associating SNPs to disease.	196 cases, 303 controls/ 196 cases, 303 controls/	NR	A2M	rs7980288-?	-	MODIFIER	chr12	T T	C C
chr12:9086638	c.2770+2562G>A c.2770+2562G>A	Cortical thickness Cortical thickness	a0001 a0002 a0009 a0012 a0013 others(2): Show a0001 a0002 a0009 a0012 a0013 a0015 a0016	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0015 a0001c0021 others(8): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0015 a0001c0021 a0001c0022 a0002c0002 a0002c0010 a0009c0012 a0012c0014 a0013c0016 a0015c0020 a0016c0013	a0001c0001t0002 a0001c0003t0002 a0001c0005t0002 a0001c0015t0002 a0001c0021t0002 others(9): Show a0001c0001t0002 a0001c0003t0002 a0001c0005t0002 a0001c0015t0002 a0001c0021t0002 a0001c0022t0002 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0010t0002 a0009c0012t0002 a0012c0014t0002 a0013c0016t0002 a0015c0020t0002 a0016c0013t0002	a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0046 others(109): Show a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0002g0051 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chr12:9069690	c.4263+55G>A c.4263+55G>A	Prostate-specific antigen levels 0.022 Prostate-specific antigen levels 0.022	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0207 a0002c0002t0001g0210 a0002c0002t0001g0211 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0006 others(41): Show a0001c0001t0001g0207 a0002c0002t0001g0210 a0002c0002t0001g0211 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0006 a0002c0002t0002g0007 a0002c0002t0002g0015 a0002c0002t0002g0016 a0002c0002t0002g0018 a0002c0002t0002g0085 a0002c0002t0002g0095 a0002c0002t0002g0096 a0002c0002t0002g0097 a0002c0002t0002g0098 a0002c0002t0002g0099 a0002c0002t0002g0100 a0002c0002t0002g0101 a0002c0002t0002g0102 a0002c0002t0002g0103 a0002c0002t0002g0105 a0002c0002t0002g0107 a0002c0002t0002g0108 a0002c0002t0002g0109 a0002c0002t0002g0110 a0002c0002t0002g0111 a0002c0002t0002g0112 a0002c0002t0002g0113 a0002c0002t0002g0114 a0002c0002t0002g0115 a0002c0002t0002g0116 a0002c0002t0002g0117 a0002c0002t0002g0118 a0002c0002t0002g0119 a0002c0002t0002g0120 a0002c0002t0002g0121 a0002c0002t0002g0122 a0002c0002t0002g0123 a0002c0002t0002g0124 a0002c0002t0002g0125 a0002c0002t0002g0126 a0002c0002t0002g0127 a0002c0002t0002g0128 a0002c0002t0002g0129 a0002c0002t0002g0130 a0002c0002t0002g0131 a0002c0002t0002g0132	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00609.hp2 HG00642.hp2 others(51): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00609.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01106.hp1 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG02040.hp1 HG02074.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02257.hp1 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02523.hp1 HG02572.hp1 HG02735.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03195.hp2 HG03453.hp2 HG03516.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03710.hp2 HG03834.hp1 HG04184.hp2 HG04228.hp1 HG06807.hp1 NA18906.hp2 NA18969.hp2 NA18990.hp1 NA18995.hp2 NA19066.hp2 NA19080.hp1 NA19086.hp2 NA19090.hp1 NA19091.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp2	Genetically adjusted PSA levels for prostate cance others(12): Show Genetically adjusted PSA levels for prostate cance r screening.	85,824 European ancestry individuals, 3,509 Africa others(126): Show 85,824 European ancestry individuals, 3,509 Africa n American or Afro-Caribbean individuals, 3,337 Ea st Asian ancestry individuals, 3,098 Hispanic or L atin American individuals/		A2M	rs1805664-T	-	MODIFIER	chr12	C C	T T
chr12:9081502	c.2771-1325C>T c.2771-1325C>T	Prostate-specific antigen levels 0.0231 Prostate-specific antigen levels 0.0231	a0001 a0002 a0009 a0013 a0015 a0001 a0002 a0009 a0013 a0015	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0015 a0001c0022 a0002c0002 others(4): Show a0001c0001 a0001c0005 a0001c0015 a0001c0022 a0002c0002 a0002c0010 a0009c0012 a0013c0016 a0015c0020	a0001c0001t0002 a0001c0005t0002 a0001c0015t0002 a0001c0022t0002 a0002c0002t0001 others(5): Show a0001c0001t0002 a0001c0005t0002 a0001c0015t0002 a0001c0022t0002 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0010t0002 a0009c0012t0002 a0013c0016t0002 a0015c0020t0002	a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0002g0089 a0001c0001t0002g0090 a0001c0001t0002g0091 others(68): Show a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0002g0089 a0001c0001t0002g0090 a0001c0001t0002g0091 a0001c0001t0002g0092 a0001c0001t0002g0093 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0144 a0001c0005t0002g0019 a0001c0005t0002g0134 a0001c0005t0002g0135 a0001c0005t0002g0136 a0001c0005t0002g0137 a0001c0005t0002g0142 a0001c0015t0002g0040 a0001c0022t0002g0039 a0002c0002t0001g0210 a0002c0002t0001g0211 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0006 a0002c0002t0002g0007 a0002c0002t0002g0015 a0002c0002t0002g0016 a0002c0002t0002g0017 a0002c0002t0002g0018 a0002c0002t0002g0038 a0002c0002t0002g0085 a0002c0002t0002g0086 a0002c0002t0002g0087 a0002c0002t0002g0095 a0002c0002t0002g0096 a0002c0002t0002g0097 a0002c0002t0002g0098 a0002c0002t0002g0099 a0002c0002t0002g0100 a0002c0002t0002g0101 a0002c0002t0002g0102 a0002c0002t0002g0103 a0002c0002t0002g0105 a0002c0002t0002g0107 a0002c0002t0002g0108 a0002c0002t0002g0109 a0002c0002t0002g0110 a0002c0002t0002g0111 a0002c0002t0002g0112 a0002c0002t0002g0113 a0002c0002t0002g0114 a0002c0002t0002g0115 a0002c0002t0002g0116 a0002c0002t0002g0117 a0002c0002t0002g0118 a0002c0002t0002g0119 a0002c0002t0002g0120 a0002c0002t0002g0121 a0002c0002t0002g0122 a0002c0002t0002g0123 a0002c0002t0002g0124 a0002c0002t0002g0125 a0002c0002t0002g0126 a0002c0002t0002g0127 a0002c0002t0002g0128 a0002c0002t0002g0129 a0002c0002t0002g0130 a0002c0002t0002g0131 a0002c0002t0002g0132 a0002c0002t0002g0133 a0002c0010t0002g0138 a0002c0010t0002g0140 a0009c0012t0002g0094 a0013c0016t0002g0139 a0015c0020t0002g0080	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00609.hp2 HG00642.hp2 others(82): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00609.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01106.hp1 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02074.hp2 HG02132.hp1 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp2 HG02809.hp2 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03516.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03710.hp2 HG03834.hp1 HG04184.hp2 HG04228.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA18969.hp2 NA18990.hp1 NA18995.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19066.hp2 NA19080.hp1 NA19086.hp2 NA19090.hp1 NA19091.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2	Genome-wide association study of prostate-specific others(98): Show Genome-wide association study of prostate-specific antigen levels in 392,522 men identifies new loci and improves prediction across ancestry groups.	61,745 African ancestry individuals, 6,967 Asian a others(106): Show 61,745 African ancestry individuals, 6,967 Asian a ncestry individuals, 297,166 European ancestry ind ividuals, 26,644 Hispanic or Latin American indivi duals/		A2M	rs7968640-A	-	MODIFIER	chr12	G G	A A
chr12:9065605	c.2218C>A c.2218C>A	Low-density lipoprotein levels (MTAG) 0.0 others(5): Show Low-density lipoprotein levels (MTAG) 0.010266	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0207 a0002c0002t0001g0210 a0002c0002t0001g0211 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0006 others(44): Show a0001c0001t0001g0207 a0002c0002t0001g0210 a0002c0002t0001g0211 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0006 a0002c0002t0002g0007 a0002c0002t0002g0015 a0002c0002t0002g0016 a0002c0002t0002g0017 a0002c0002t0002g0018 a0002c0002t0002g0085 a0002c0002t0002g0086 a0002c0002t0002g0095 a0002c0002t0002g0096 a0002c0002t0002g0097 a0002c0002t0002g0098 a0002c0002t0002g0099 a0002c0002t0002g0100 a0002c0002t0002g0101 a0002c0002t0002g0102 a0002c0002t0002g0103 a0002c0002t0002g0105 a0002c0002t0002g0107 a0002c0002t0002g0108 a0002c0002t0002g0109 a0002c0002t0002g0110 a0002c0002t0002g0111 a0002c0002t0002g0112 a0002c0002t0002g0113 a0002c0002t0002g0114 a0002c0002t0002g0115 a0002c0002t0002g0116 a0002c0002t0002g0117 a0002c0002t0002g0118 a0002c0002t0002g0119 a0002c0002t0002g0120 a0002c0002t0002g0121 a0002c0002t0002g0122 a0002c0002t0002g0123 a0002c0002t0002g0124 a0002c0002t0002g0125 a0002c0002t0002g0126 a0002c0002t0002g0127 a0002c0002t0002g0128 a0002c0002t0002g0129 a0002c0002t0002g0130 a0002c0002t0002g0131 a0002c0002t0002g0132 a0002c0002t0002g0133	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00609.hp2 HG00642.hp2 others(55): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00609.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01106.hp1 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02074.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02257.hp1 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02735.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03195.hp2 HG03453.hp2 HG03516.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03710.hp2 HG03834.hp1 HG04184.hp2 HG04228.hp1 HG06807.hp1 NA18906.hp2 NA18969.hp2 NA18990.hp1 NA18995.hp2 NA19066.hp2 NA19080.hp1 NA19086.hp2 NA19090.hp1 NA19091.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp2	Pleiotropic genetic architecture and novel loci fo others(28): Show Pleiotropic genetic architecture and novel loci fo r C-reactive protein levels.	361,194 European ancestry individuals/ 361,194 European ancestry individuals/		A2M-AS1, LINC00612	rs10771307-T	-	MODIFIER	chr12	G G	T T
chr12:9087740	c.2770+1460T>G c.2770+1460T>G	Educational attainment 0.0106476 Educational attainment 0.0106476	a0002 a0002	a0002c0002 a0002c0002	a0002c0002t0002 a0002c0002t0002	a0002c0002t0002g0015 a0002c0002t0002g0016 a0002c0002t0002g0098 a0002c0002t0002g0099 a0002c0002t0002g0100 others(1): Show a0002c0002t0002g0015 a0002c0002t0002g0016 a0002c0002t0002g0098 a0002c0002t0002g0099 a0002c0002t0002g0100 a0002c0002t0002g0132	HG00735.hp1 HG01175.hp1 HG01993.hp1 HG02976.hp1 HG03453.hp2 others(3): Show HG00735.hp1 HG01175.hp1 HG01993.hp1 HG02976.hp1 HG03453.hp2 HG03834.hp1 NA18906.hp2 NA21309.hp2	Polygenic prediction of educational attainment wit others(88): Show Polygenic prediction of educational attainment wit hin and between families from genome-wide associat ion analyses in 3 million individuals.	3,037,499 European ancestry individuals/ 3,037,499 European ancestry individuals/		A2M	rs7980228-A	-	MODIFIER	chr12	A A	C C

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [A2M_chr12_9062708_9120919>a0002c0002t0002]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer A2M_chr12_9062708_9120919

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 2)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 1)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 70)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 1)

GWASCatalog Related Variants (Total: 8)

GTEx Related Variants (Page 1 of 38 - Total: 3736)