JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [AAGAB_chr15_67195667_67259661>a0002c0002t0002]

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chr15:67236036	c.394A>C p.Ile132Leu c.394A>C p.Ile132Leu	Waist-hip index 0.0193774 Waist-hip index 0.0193774	a0002 a0005 a0002 a0005	a0002c0002 a0005c0007 a0002c0002 a0005c0007	a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 a0002c0002t0012 others(3): Show a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 a0002c0002t0012 a0002c0002t0013 a0002c0002t0014 a0005c0007t0002	a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0001g0336 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0005 a0002c0002t0002g0024 others(159): Show a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0001g0336 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0005 a0002c0002t0002g0024 a0002c0002t0002g0039 a0002c0002t0002g0049 a0002c0002t0002g0062 a0002c0002t0002g0065 a0002c0002t0002g0075 a0002c0002t0002g0079 a0002c0002t0002g0080 a0002c0002t0002g0081 a0002c0002t0002g0082 a0002c0002t0002g0083 a0002c0002t0002g0084 a0002c0002t0002g0085 a0002c0002t0002g0086 a0002c0002t0002g0087 a0002c0002t0002g0088 a0002c0002t0002g0091 a0002c0002t0002g0092 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a0005c0007t0002g0098	HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 others(163): Show HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp2 HG02486.hp2 HG02602.hp2 HG02647.hp1 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02922.hp2 HG03139.hp1 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp2 HG03834.hp1 HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 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chr15:67236036	c.394A>C p.Ile132Leu c.394A>C p.Ile132Leu	Waist circumference adjusted for body mass index others(17): Show Waist circumference adjusted for body mass index 0.0221873	a0002 a0005 a0002 a0005	a0002c0002 a0005c0007 a0002c0002 a0005c0007	a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 a0002c0002t0012 others(3): Show a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 a0002c0002t0012 a0002c0002t0013 a0002c0002t0014 a0005c0007t0002	a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0001g0336 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0005 a0002c0002t0002g0024 others(159): Show a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0001g0336 a0002c0002t0002g0004 a0002c0002t0002g0005 a0002c0002t0002g0024 a0002c0002t0002g0039 a0002c0002t0002g0049 a0002c0002t0002g0062 a0002c0002t0002g0065 a0002c0002t0002g0075 a0002c0002t0002g0079 a0002c0002t0002g0080 a0002c0002t0002g0081 a0002c0002t0002g0082 a0002c0002t0002g0083 a0002c0002t0002g0084 a0002c0002t0002g0085 a0002c0002t0002g0086 a0002c0002t0002g0087 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Body fat percentage 0.016 Body fat percentage 0.016	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI (joint analysis main effects and smoking interaction) others(50): Show Waist circumference adjusted for BMI (joint analysis main effects and smoking interaction)	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers others(17): Show Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers 0.0241	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 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men, 1,020 Indian Asian ancestry women, 6,691 Indi an Asian ancestry men, 1,526 Filipino ancestry wom en, 2,469 Hispanic/Latino ancestry women, 1,318 Hi spanic/Latino ancestry men/16,011 European ancestr y women, 17,912 European ancestry men, 105,218 Eur opean ancestry individuals, 2,073 African American /Afro-Caribbean ancestry women, 647 African Americ an/Afro-Caribbean ancestry men	SMAD3	SMAD3 - AAGAB	rs7166081-A	-	MODIFIER	chr15	G G	A A
chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers others(17): Show Waist circumference adjusted for BMI in non-smokers 0.0311	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 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chr15:67199963	c.2858C>T c.2858C>T	Waist circumference adjusted for BMI (adjusted for smoking behaviour) others(35): Show Waist circumference adjusted for BMI (adjusted for smoking behaviour) 0.0266	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0003c0005 a0004c0006 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0003c0005t0004 a0004c0006t0001 a0005c0007t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(215): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0009 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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [AAGAB_chr15_67195667_67259661>a0002c0002t0002]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer AAGAB_chr15_67195667_67259661

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CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 1)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 18)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 6)

GWASCatalog Related Variants (Total: 22)

GTEx Related Variants (Page 1 of 18 - Total: 1743)