JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	Modulation of genetic associations with serum urat others(38): Show Modulation of genetic associations with serum urat e levels by body-mass-index in humans.	up to 5,529 European ancestry male individuals, up others(47): Show up to 5,529 European ancestry male individuals, up to 9,753 European ancestry female individuals/	ASAH2B, A1CF	ASAH2B, A1CF	rs4256922-C	-	MODIFIER	chr10	T T	C C
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chr10:50849248	c.100-5126A>G c.100-5126A>G	Type 2 diabetes Type 2 diabetes	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0011 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0026 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0038 a0001c0001t0049 a0001c0003t0001 a0001c0011t0002	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0189 a0001c0001t0001g0197 others(77): Show a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0189 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0028 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0089 a0001c0001t0002g0145 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0002g0161 a0001c0001t0002g0162 a0001c0001t0002g0164 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0174 a0001c0001t0002g0175 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0177 a0001c0001t0002g0178 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0185 a0001c0001t0002g0186 a0001c0001t0002g0187 a0001c0001t0002g0188 a0001c0001t0002g0190 a0001c0001t0002g0191 a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0194 a0001c0001t0002g0195 a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0002g0198 a0001c0001t0002g0199 a0001c0001t0002g0224 a0001c0001t0002g0233 a0001c0001t0002g0238 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0012 a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0014 a0001c0001t0003g0015 a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0055 a0001c0001t0003g0059 a0001c0001t0003g0060 a0001c0001t0003g0061 a0001c0001t0003g0062 a0001c0001t0003g0068 a0001c0001t0003g0150 a0001c0001t0003g0152 a0001c0001t0003g0163 a0001c0001t0003g0166 a0001c0001t0007g0066 a0001c0001t0011g0092 a0001c0001t0011g0093 a0001c0001t0026g0054 a0001c0001t0029g0057 a0001c0001t0031g0053 a0001c0001t0032g0058 a0001c0001t0035g0155 a0001c0001t0036g0182 a0001c0001t0038g0168 a0001c0001t0049g0167 a0001c0003t0001g0067 a0001c0011t0002g0184	HG00140.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 others(98): Show HG00140.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00673.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp2 HG02155.hp1 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02683.hp1 HG02698.hp1 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03195.hp2 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03927.hp2 HG03942.hp1 HG04115.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 NA18939.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp2 NA18946.hp2 NA18947.hp1 NA18960.hp1 NA18962.hp2 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp2 NA18970.hp1 NA18975.hp2 NA18978.hp1 NA18980.hp1 NA18981.hp2 NA18983.hp1 NA18984.hp1 NA18986.hp2 NA18991.hp1 NA18993.hp2 NA18994.hp2 NA19004.hp1 NA19006.hp2 NA19007.hp2 NA19011.hp2 NA19012.hp2 NA19058.hp1 NA19060.hp1 NA19065.hp1 NA19070.hp2 NA19074.hp1 NA19075.hp2 NA19076.hp2 NA19077.hp2 NA19079.hp1 NA19079.hp2 NA19080.hp2 NA19081.hp1 NA19082.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19090.hp2 NA19091.hp1 NA20300.hp2 NA20752.hp2	Genetic drivers of heterogeneity in type 2 diabete others(18): Show Genetic drivers of heterogeneity in type 2 diabete s pathophysiology.	50,251 African American cases, 103,909 African Ame others(353): Show 50,251 African American cases, 103,909 African Ame rican controls, 88,109 East Asian ancestry cases, 339,395 East Asian ancestry controls, 242,283 Euro pean ancestry cases, 1,569,734 European ancestry c ontrols, 29,375 Hispanic cases, 59,368 Hispanic co ntrols, 1,602 South African ancestry cases, 976 So uth African ancestry controls, 16,832 South Asian ancestry cases, 33,767 South Asian ancestry contro ls/		A1CF	rs12570156-T	-	MODIFIER	chr10	T T	C C

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [A1CF_chr10_50794409_50890627>a0001c0001t0011g0092]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer A1CF_chr10_50794409_50890627

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CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 9)

GVariants in Genebody level Haplotype (Total: 49)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 23)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 3)

GTEx Related Variants (Page 1 of 18 - Total: 1785)