JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [A1CF_chr10_50794409_50890627>a0001c0002t0004g0087]

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chr10:50882624	c.-94+2957T>C c.-94+2957T>C	Colorectal cancer 0.0596 Colorectal cancer 0.0596	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0012 others(9): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0012 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0039 a0001c0002t0004 a0001c0002t0013 a0001c0003t0001	a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0074 others(41): Show a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0003g0012 a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0014 a0001c0001t0003g0015 a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0018 a0001c0001t0003g0055 a0001c0001t0003g0059 a0001c0001t0003g0060 a0001c0001t0003g0061 a0001c0001t0003g0062 a0001c0001t0003g0068 a0001c0001t0007g0066 a0001c0001t0012g0075 a0001c0001t0026g0054 a0001c0001t0027g0084 a0001c0001t0029g0057 a0001c0001t0031g0053 a0001c0001t0032g0058 a0001c0001t0039g0038 a0001c0002t0004g0002 a0001c0002t0004g0069 a0001c0002t0004g0070 a0001c0002t0004g0071 a0001c0002t0004g0072 a0001c0002t0004g0073 a0001c0002t0004g0076 a0001c0002t0004g0077 a0001c0002t0004g0078 a0001c0002t0004g0079 a0001c0002t0004g0080 a0001c0002t0004g0081 a0001c0002t0004g0082 a0001c0002t0004g0083 a0001c0002t0004g0086 a0001c0002t0004g0087 a0001c0002t0013g0085 a0001c0002t0013g0088 a0001c0003t0001g0067	HG00140.hp1 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00597.hp2 HG00735.hp1 others(53): Show HG00140.hp1 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00597.hp2 HG00735.hp1 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01192.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01361.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01934.hp1 HG01975.hp2 HG01981.hp1 HG02015.hp1 HG02027.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp2 HG02129.hp2 HG02300.hp1 HG02572.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02976.hp1 HG03195.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp1 HG03927.hp2 HG04115.hp1 HG04204.hp1 NA18944.hp1 NA18945.hp2 NA18955.hp1 NA18962.hp2 NA18965.hp2 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18977.hp2 NA18981.hp1 NA18981.hp2 NA18983.hp2 NA19004.hp2 NA19007.hp1 NA19072.hp2 NA19074.hp2 NA19080.hp1 NA19080.hp2 NA19081.hp1 NA19083.hp2 NA19091.hp2 NA20752.hp2 NA20905.hp2	Developing an optimal stratification model for col others(98): Show Developing an optimal stratification model for col orectal cancer screening and reducing racial dispa rities in multi-center population-based studies.	15,714 European ancestry cases, 621,182 European a others(88): Show 15,714 European ancestry cases, 621,182 European a ncestry controls, 7,062 East Asian ancestry cases, 195,745 East Asian ancestry controls/		A1CF	rs17500846-A	-	MODIFIER	chr10	A A	G G

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
50816308:splice 50816308:variant goto	A1CF intron_variant c.868-29C>T A1CF intron_variant c.868-29C>T	ASAH2 Adipose_Subcutaneous 60.700 0.965	3 12 48 247	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0007 others(7): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0009 a0001c0011 a0001c0012 a0002c0004 a0002c0006 a0003c0010	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 others(43): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0043 a0001c0001t0046 a0001c0001t0049 a0001c0002t0004 a0001c0002t0013 a0001c0003t0001 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Haplotype Detail Info [A1CF_chr10_50794409_50890627>a0001c0002t0004g0087]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer A1CF_chr10_50794409_50890627

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 1)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 9)

GVariants in Genebody level Haplotype (Total: 46)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 23)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 7)

GTEx Related Variants (Page 1 of 17 - Total: 1685)