JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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chr20:25382421	c.191+8092C>T c.191+8092C>T	Alkaline phosphatase levels 0.045 Alkaline phosphatase levels 0.045	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0002 a0002c0006 a0003c0007 a0001c0002 a0002c0006 a0003c0007	a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007 a0002c0006t0002 a0003c0007t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007 a0002c0006t0002 a0003c0007t0002	a0001c0002t0002g0140 a0001c0002t0002g0141 a0001c0002t0002g0142 a0001c0002t0002g0143 a0001c0002t0002g0144 others(78): Show a0001c0002t0002g0140 a0001c0002t0002g0141 a0001c0002t0002g0142 a0001c0002t0002g0143 a0001c0002t0002g0144 a0001c0002t0002g0145 a0001c0002t0002g0146 a0001c0002t0002g0147 a0001c0002t0002g0148 a0001c0002t0002g0149 a0001c0002t0002g0150 a0001c0002t0002g0151 a0001c0002t0002g0152 a0001c0002t0002g0153 a0001c0002t0002g0154 a0001c0002t0002g0156 a0001c0002t0002g0157 a0001c0002t0002g0158 a0001c0002t0002g0159 a0001c0002t0002g0160 a0001c0002t0002g0161 a0001c0002t0002g0162 a0001c0002t0002g0163 a0001c0002t0002g0164 a0001c0002t0002g0165 a0001c0002t0002g0166 a0001c0002t0002g0167 a0001c0002t0002g0168 a0001c0002t0002g0169 a0001c0002t0002g0172 a0001c0002t0002g0188 a0001c0002t0002g0189 a0001c0002t0002g0192 a0001c0002t0002g0194 a0001c0002t0002g0195 a0001c0002t0002g0198 a0001c0002t0002g0199 a0001c0002t0002g0201 a0001c0002t0002g0202 a0001c0002t0002g0203 a0001c0002t0002g0206 a0001c0002t0002g0207 a0001c0002t0002g0209 a0001c0002t0002g0223 a0001c0002t0003g0175 a0001c0002t0003g0176 a0001c0002t0003g0177 a0001c0002t0003g0178 a0001c0002t0003g0179 a0001c0002t0003g0180 a0001c0002t0003g0181 a0001c0002t0003g0182 a0001c0002t0003g0183 a0001c0002t0003g0184 a0001c0002t0003g0185 a0001c0002t0003g0186 a0001c0002t0003g0190 a0001c0002t0003g0197 a0001c0002t0003g0200 a0001c0002t0003g0204 a0001c0002t0003g0208 a0001c0002t0003g0210 a0001c0002t0003g0211 a0001c0002t0003g0212 a0001c0002t0003g0213 a0001c0002t0003g0214 a0001c0002t0003g0215 a0001c0002t0003g0216 a0001c0002t0003g0217 a0001c0002t0003g0218 a0001c0002t0003g0219 a0001c0002t0003g0220 a0001c0002t0003g0221 a0001c0002t0003g0222 a0001c0002t0007g0155 a0001c0002t0007g0170 a0001c0002t0007g0173 a0001c0002t0007g0187 a0001c0002t0007g0196 a0001c0002t0007g0205 a0002c0006t0002g0174 a0002c0006t0002g0193 a0003c0007t0002g0191	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 others(78): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01515.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG02004.hp2 HG02083.hp1 HG02148.hp1 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp2 HG02602.hp2 HG02647.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp2 HG03041.hp1 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03927.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA18962.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20805.hp2 NA21309.hp1	Genetic architecture of routinely acquired blood t others(37): Show Genetic architecture of routinely acquired blood t ests in a British South Asian cohort.	38,000 South Asian ancestry individuals/ 38,000 South Asian ancestry individuals/		ABHD12	rs6083824-A	-	MODIFIER	chr20	G G	A A
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chr20:25394038	c.-3335T>C c.-3335T>C	Alkaline phosphatase (UKB data field 30610) < others(15): Show Alkaline phosphatase (UKB data field 30610) 0.043618705	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0002 a0001c0003 a0002c0006 a0003c0007 a0001c0002 a0001c0003 a0002c0006 a0003c0007	a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007 a0001c0003t0002 a0002c0006t0002 others(1): Show a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007 a0001c0003t0002 a0002c0006t0002 a0003c0007t0002	a0001c0002t0002g0140 a0001c0002t0002g0141 a0001c0002t0002g0142 a0001c0002t0002g0143 a0001c0002t0002g0144 others(79): Show a0001c0002t0002g0140 a0001c0002t0002g0141 a0001c0002t0002g0142 a0001c0002t0002g0143 a0001c0002t0002g0144 a0001c0002t0002g0145 a0001c0002t0002g0146 a0001c0002t0002g0147 a0001c0002t0002g0148 a0001c0002t0002g0149 a0001c0002t0002g0150 a0001c0002t0002g0151 a0001c0002t0002g0152 a0001c0002t0002g0153 a0001c0002t0002g0154 a0001c0002t0002g0156 a0001c0002t0002g0157 a0001c0002t0002g0158 a0001c0002t0002g0159 a0001c0002t0002g0160 a0001c0002t0002g0161 a0001c0002t0002g0162 a0001c0002t0002g0163 a0001c0002t0002g0164 a0001c0002t0002g0165 a0001c0002t0002g0166 a0001c0002t0002g0167 a0001c0002t0002g0168 a0001c0002t0002g0169 a0001c0002t0002g0172 a0001c0002t0002g0188 a0001c0002t0002g0189 a0001c0002t0002g0192 a0001c0002t0002g0194 a0001c0002t0002g0195 a0001c0002t0002g0198 a0001c0002t0002g0199 a0001c0002t0002g0201 a0001c0002t0002g0202 a0001c0002t0002g0203 a0001c0002t0002g0206 a0001c0002t0002g0207 a0001c0002t0002g0209 a0001c0002t0002g0223 a0001c0002t0003g0175 a0001c0002t0003g0176 a0001c0002t0003g0177 a0001c0002t0003g0178 a0001c0002t0003g0179 a0001c0002t0003g0180 a0001c0002t0003g0181 a0001c0002t0003g0182 a0001c0002t0003g0183 a0001c0002t0003g0184 a0001c0002t0003g0185 a0001c0002t0003g0186 a0001c0002t0003g0190 a0001c0002t0003g0197 a0001c0002t0003g0200 a0001c0002t0003g0204 a0001c0002t0003g0208 a0001c0002t0003g0210 a0001c0002t0003g0211 a0001c0002t0003g0212 a0001c0002t0003g0213 a0001c0002t0003g0214 a0001c0002t0003g0215 a0001c0002t0003g0216 a0001c0002t0003g0217 a0001c0002t0003g0218 a0001c0002t0003g0219 a0001c0002t0003g0220 a0001c0002t0003g0221 a0001c0002t0003g0222 a0001c0002t0007g0155 a0001c0002t0007g0170 a0001c0002t0007g0173 a0001c0002t0007g0187 a0001c0002t0007g0196 a0001c0002t0007g0205 a0001c0003t0002g0171 a0002c0006t0002g0174 a0002c0006t0002g0193 a0003c0007t0002g0191	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 others(79): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01515.hp1 HG01884.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG02004.hp2 HG02083.hp1 HG02148.hp1 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp2 HG02602.hp2 HG02647.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp2 HG03041.hp1 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03927.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA18962.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20805.hp2 NA21309.hp1	A scalable variational inference approach for incr others(36): Show A scalable variational inference approach for incr eased mixed-model association power.	394,642 European ancestry individuals/ 394,642 European ancestry individuals/		GINS1	rs869358-G	-	MODIFIER	chr20	A A	G G

pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
25295234:splice 25295234:variant goto	ABHD12 downstream_gene_variant c.5611T>C< others(4): Show ABHD12 downstream_gene_variant c.5611T>C< /br>	ABHD12 Adipose_Subcutaneous 3.950 0.140	5 9 19 304	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0002c0006 a0003c0007 a0004c0009 a0005c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0011 a0001c0003t0002 a0001c0003t0006 a0001c0003t0011 a0001c0004t0004 a0001c0005t0004 a0002c0006t0002 a0003c0007t0002 a0004c0009t0001 a0005c0008t0002	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 others(299): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 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Haplotype Detail Info [ABHD12_chr20_25295214_25395835>a0001c0002t0002]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer ABHD12_chr20_25295214_25395835

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 1)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 1)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 24)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 22)

GWASCatalog Related Variants (Total: 17)

GTEx Related Variants (Page 1 of 145 - Total: 14438)