JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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chr4:8027236	c.1267+523T>A c.1267+523T>A	Alcohol consumption (drinks per week) (MTAG) < others(14): Show Alcohol consumption (drinks per week) (MTAG) 0.00868565	a0001 a0002 a0003 a0005 a0001 a0002 a0003 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0008 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0008 a0001c0010 a0002c0005 a0003c0007 a0005c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(45): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0020 a0001c0001t0022 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0032 a0001c0001t0034 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0005 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chr4:8108771	c.11-2134A>G c.11-2134A>G	Irritable bowel syndrome 0.091 Irritable bowel syndrome 0.091	a0001 a0003 a0004 a0005 a0001 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0008 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0008 a0001c0010 a0003c0007 a0004c0009 a0005c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(48): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0020 a0001c0001t0022 a0001c0001t0025 a0001c0001t0027 a0001c0001t0029 a0001c0001t0032 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0002t0008 a0001c0002t0019 a0001c0002t0024 a0001c0002t0031 a0001c0003t0001 a0001c0003t0002 a0001c0003t0003 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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [ABLIM2_chr4_7960327_8163813>a0001c0001t0027]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer ABLIM2_chr4_7960327_8163813

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 0)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 1)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 3)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 40)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 2)

GWASCatalog Related Variants (Total: 7)

GTEx Related Variants (Page 1 of 3 - Total: 207)