JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [ACP7_chr19_39079368_39116493>a0002c0011t0004]

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pos	annotation hgvs_c hgvs_p	clinvarid	clnsig	geneinfo	mc	clndisdb	strand strand	ahapid ahapid_count	chapid chapid count	thapid thapid_count	ghapid ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	impact	chr	ref	alt	external

CHR:POS	annotation hgvs_c hgvs_p	disease trait -log10p odds or beta	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	study	initial sample size/ replication sample size	report genes	mapped gene	strongest snp risk allele	strand strand	impact	chr	ref	alt
chr19:39090097	c.121+4707A>G c.121+4707A>G	Type 2 diabetes 1.39 Type 2 diabetes 1.39	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 others(6): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0008 a0001c0009 a0001c0018 a0002c0011 a0004c0015	a0001c0001t0001 a0001c0001t0015 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0002t0021 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0015 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0002t0021 a0001c0002t0022 a0001c0003t0006 a0001c0004t0002 a0001c0004t0004 a0001c0004t0005 a0001c0004t0009 a0001c0004t0012 a0001c0004t0017 a0001c0004t0020 a0001c0005t0010 a0001c0006t0008 a0001c0006t0009 a0001c0008t0016 a0001c0009t0005 a0001c0009t0026 a0001c0018t0002 a0002c0011t0004 a0004c0015t0004	a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 others(100): Show a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0015g0199 a0001c0002t0002g0147 a0001c0002t0002g0160 a0001c0002t0002g0161 a0001c0002t0002g0163 a0001c0002t0002g0187 a0001c0002t0002g0190 a0001c0002t0002g0191 a0001c0002t0002g0192 a0001c0002t0002g0196 a0001c0002t0005g0031 a0001c0002t0005g0043 a0001c0002t0005g0053 a0001c0002t0005g0058 a0001c0002t0005g0059 a0001c0002t0005g0069 a0001c0002t0005g0073 a0001c0002t0005g0074 a0001c0002t0005g0077 a0001c0002t0005g0079 a0001c0002t0005g0085 a0001c0002t0005g0248 a0001c0002t0005g0249 a0001c0002t0021g0159 a0001c0002t0021g0189 a0001c0002t0022g0188 a0001c0002t0022g0193 a0001c0003t0006g0038 a0001c0004t0002g0203 a0001c0004t0004g0033 a0001c0004t0004g0034 a0001c0004t0004g0035 a0001c0004t0004g0037 a0001c0004t0004g0039 a0001c0004t0004g0041 a0001c0004t0004g0042 a0001c0004t0004g0044 a0001c0004t0004g0045 a0001c0004t0004g0046 a0001c0004t0004g0048 a0001c0004t0004g0050 a0001c0004t0004g0051 a0001c0004t0004g0052 a0001c0004t0004g0054 a0001c0004t0004g0056 a0001c0004t0004g0057 a0001c0004t0004g0060 a0001c0004t0004g0061 a0001c0004t0004g0062 a0001c0004t0004g0063 a0001c0004t0004g0064 a0001c0004t0004g0065 a0001c0004t0004g0066 a0001c0004t0004g0067 a0001c0004t0004g0068 a0001c0004t0004g0070 a0001c0004t0004g0071 a0001c0004t0004g0075 a0001c0004t0004g0078 a0001c0004t0004g0084 a0001c0004t0004g0086 a0001c0004t0004g0087 a0001c0004t0004g0088 a0001c0004t0004g0089 a0001c0004t0004g0090 a0001c0004t0004g0133 a0001c0004t0004g0146 a0001c0004t0005g0162 a0001c0004t0005g0198 a0001c0004t0009g0095 a0001c0004t0009g0307 a0001c0004t0009g0354 a0001c0004t0009g0355 a0001c0004t0012g0284 a0001c0004t0017g0145 a0001c0004t0017g0194 a0001c0004t0017g0197 a0001c0004t0020g0281 a0001c0005t0010g0202 a0001c0006t0008g0019 a0001c0006t0008g0020 a0001c0006t0008g0022 a0001c0006t0008g0023 a0001c0006t0008g0024 a0001c0006t0008g0025 a0001c0006t0008g0026 a0001c0006t0009g0016 a0001c0006t0009g0017 a0001c0006t0009g0018 a0001c0008t0016g0105 a0001c0008t0016g0106 a0001c0008t0016g0112 a0001c0009t0005g0220 a0001c0009t0026g0205 a0001c0018t0002g0195 a0002c0011t0004g0047 a0002c0011t0004g0072 a0002c0011t0004g0076 a0004c0015t0004g0055	HG00423.hp1 HG00621.hp1 HG00673.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 others(100): Show HG00423.hp1 HG00621.hp1 HG00673.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01346.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp2 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02258.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02622.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG04184.hp1 HG04199.hp1 HG04199.hp2 NA18522.hp1 NA18747.hp2 NA18939.hp1 NA18940.hp1 NA18941.hp2 NA18942.hp1 NA18943.hp1 NA18944.hp1 NA18946.hp1 NA18949.hp1 NA18950.hp1 NA18952.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp2 NA18961.hp1 NA18962.hp1 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18971.hp2 NA18975.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp2 NA18983.hp2 NA18984.hp2 NA18986.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp1 NA18995.hp1 NA18998.hp1 NA19003.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19009.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19057.hp2 NA19062.hp2 NA19064.hp1 NA19065.hp2 NA19067.hp1 NA19070.hp1 NA19070.hp2 NA19074.hp1 NA19084.hp1 NA19086.hp1 NA19086.hp2 NA19088.hp1 NA19240.hp1 NA20300.hp2 NA20805.hp1	Transferability of type 2 diabetes implicated loci others(45): Show Transferability of type 2 diabetes implicated loci in multi-ethnic cohorts from Southeast Asia.	2,010 Chinese ancestry cases, 1,945 Chinese ancest others(140): Show 2,010 Chinese ancestry cases, 1,945 Chinese ancest ry controls, 794 Malay ancestry cases, 1,240 Malay ancestry controls, 977 Asian Indian ancestry case s, 1,169 Asian Indian ancestry controls/	FLJ16165	ACP7	rs472265-G	+	MODIFIER	chr19	A A	G G
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chr19:39087643	c.121+2253T>G c.121+2253T>G	Resistance to COVID-19 infection (Exposed negative vs positive) others(23): Show Resistance to COVID-19 infection (Exposed negative vs positive)	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0006 others(6): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0009 a0001c0012 a0001c0017 a0001c0018 a0002c0011 a0004c0015	a0001c0001t0001 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 others(24): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0002t0007 a0001c0002t0012 a0001c0002t0021 a0001c0002t0022 a0001c0002t0023 a0001c0002t0024 a0001c0002t0027 a0001c0003t0002 a0001c0003t0003 a0001c0003t0006 a0001c0003t0014 a0001c0003t0019 a0001c0003t0032 a0001c0004t0002 a0001c0004t0004 a0001c0004t0005 a0001c0004t0017 a0001c0006t0010 a0001c0009t0029 a0001c0012t0006 a0001c0017t0002 a0001c0018t0002 a0002c0011t0004 a0004c0015t0004	a0001c0001t0001g0028 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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [ACP7_chr19_39079368_39116493>a0002c0011t0004]

🧬 Gene Summary

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TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 1)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

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🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 3)

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