JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [APOL2_chr22_36221209_36244527>a0001c0001]

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chr22:36242659	c.-3352G>A c.-3352G>A	Apolipoprotein L1 levels (APOL1.9506.10.3) others(6): Show Apolipoprotein L1 levels (APOL1.9506.10.3) 0.37	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0037 a0002c0002t0006 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0037 a0002c0002t0006	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0002g0051 others(11): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0084 a0001c0001t0002g0130 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0004g0046 a0001c0001t0004g0098 a0001c0001t0004g0102 a0001c0001t0004g0105 a0001c0001t0004g0116 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0037g0210 a0002c0002t0006g0202	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00642.hp2 HG00738.hp2 HG01167.hp1 others(13): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00642.hp2 HG00738.hp2 HG01167.hp1 HG01192.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01975.hp2 HG02735.hp2 HG03654.hp1 HG04199.hp2 NA18906.hp1 NA20752.hp1 NA20752.hp2	Genomic atlas of the human plasma proteome. Genomic atlas of the human plasma proteome.	3,301 European ancestry individuals/ 3,301 European ancestry individuals/		APOL2 - APOL1	rs71314970-T	-	MODIFIER	chr22	C C	T T
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chr22:36235645	c.-133-2190C>T c.-133-2190C>T	Epigenetic age acceleration in alcohol use disorder others(11): Show Epigenetic age acceleration in alcohol use disorder	a0001 a0002 a0005 a0001 a0002 a0005	a0001c0001 a0002c0002 a0005c0005 a0001c0001 a0002c0002 a0005c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 others(36): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0035 a0001c0001t0037 a0001c0001t0046 a0001c0001t0051 a0001c0001t0053 a0001c0001t0054 a0001c0001t0055 a0002c0002t0005 a0002c0002t0006 a0002c0002t0014 a0002c0002t0018 a0002c0002t0019 a0002c0002t0022 a0002c0002t0024 a0002c0002t0033 a0002c0002t0034 a0002c0002t0050 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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
36225663:splice 36225663:variant goto	APOL2 downstream_gene_variant c.1741A>Gothers(3): Show APOL2 downstream_gene_variant c.1741A>Gbr>	APOL4 Adipose_Subcutaneous 16.496 0.363	5 5 59 209	a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0001 a0002 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0004 a0004c0003 a0005c0005 a0001c0001 a0002c0002 a0003c0004 a0004c0003 a0005c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 others(54): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0001c0001t0023 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0039 a0001c0001t0040 a0001c0001t0041 a0001c0001t0042 a0001c0001t0043 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Haplotype Detail Info [APOL2_chr22_36221209_36244527>a0001c0001]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer APOL2_chr22_36221209_36244527

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CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 8)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 3)

GTEx Related Variants (Page 1 of 9 - Total: 820)