JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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chr10:15568092	c.2637+4119T>C c.2637+4119T>C	Gut microbial network clusters (Brown (at 3 months) x Any Formula feeding (3 Months) interactionothers(60): Show Gut microbial network clusters (Brown (at 3 months) x Any Formula feeding (3 Months) interaction 0.01	a0001 a0002 a0003 a0004 a0006 others(9): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0006 a0007 a0008 a0009 a0011 a0012 a0013 a0015 a0016 a0017	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0011 a0001c0014 others(18): Show a0001c0001 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0011 a0001c0014 a0001c0020 a0002c0002 a0002c0021 a0003c0003 a0004c0004 a0004c0013 a0004c0024 a0004c0025 a0006c0010 a0007c0009 a0008c0012 a0009c0016 a0011c0019 a0012c0017 a0013c0022 a0015c0028 a0016c0027 a0017c0026	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(53): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 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chr10:15629439	c.1400-12880A>G c.1400-12880A>G	Volume of right cortico-amygdaloid transition area others(19): Show Volume of right cortico-amygdaloid transition area 0.0551095	a0001 a0002 a0004 a0015 a0001 a0002 a0004 a0015	a0001c0001 a0002c0002 a0004c0013 a0015c0028 a0001c0001 a0002c0002 a0004c0013 a0015c0028	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(13): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0020 a0001c0001t0026 a0001c0001t0036 a0001c0001t0038 a0002c0002t0005 a0002c0002t0013 a0004c0013t0014 a0015c0028t0006	a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0132 others(47): Show a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0150 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0003g0103 a0001c0001t0003g0133 a0001c0001t0003g0144 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0003g0147 a0001c0001t0003g0167 a0001c0001t0003g0179 a0001c0001t0003g0180 a0001c0001t0003g0198 a0001c0001t0003g0210 a0001c0001t0004g0089 a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0004g0171 a0001c0001t0004g0172 a0001c0001t0004g0173 a0001c0001t0004g0204 a0001c0001t0006g0001 a0001c0001t0006g0032 a0001c0001t0007g0018 a0001c0001t0008g0202 a0001c0001t0009g0072 a0001c0001t0011g0119 a0001c0001t0016g0093 a0001c0001t0016g0205 a0001c0001t0016g0207 a0001c0001t0020g0120 a0001c0001t0026g0003 a0001c0001t0036g0074 a0001c0001t0038g0213 a0002c0002t0005g0067 a0002c0002t0005g0118 a0002c0002t0005g0140 a0002c0002t0005g0192 a0002c0002t0005g0196 a0002c0002t0013g0025 a0002c0002t0013g0028 a0004c0013t0014g0033 a0015c0028t0006g0017	HG00140.hp1 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01099.hp1 HG01109.hp2 others(47): Show HG00140.hp1 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01099.hp1 HG01109.hp2 HG01169.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp2 HG01993.hp1 HG02040.hp1 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02523.hp2 HG02630.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02886.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03239.hp2 HG03453.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp2 HG03942.hp2 HG04184.hp2 HG06807.hp2 NA18943.hp1 NA18946.hp2 NA18951.hp1 NA18951.hp2 NA18954.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp2 NA18962.hp1 NA18962.hp2 NA18966.hp1 NA18968.hp2 NA18977.hp1 NA18983.hp2 NA19002.hp1 NA19004.hp2 NA19009.hp2 NA19030.hp1 NA19054.hp1 NA19056.hp1 NA19087.hp1 NA19091.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	Cross-ancestry and sex-stratified genome-wide asso others(52): Show Cross-ancestry and sex-stratified genome-wide asso ciation analyses of amygdala and subnucleus volume s.	16,899 European ancestry males, 2,397 East Asian a others(14): Show 16,899 European ancestry males, 2,397 East Asian a ncestry males/		ITGA8	rs12359169-C	-	MODIFIER	chr10	T T	C C
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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [ITGA8_chr10_15508954_15724922>a0001c0001t0014]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer ITGA8_chr10_15508954_15724922

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CVariants in Coding level Haplotype (Total: 0)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 2)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 58)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 46)

GWASCatalog Related Variants (Total: 4)

GTEx Related Variants (Page 1 of 2 - Total: 154)