JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Haplotype Detail Info [RAPGEFL1_chr17_40172470_40200650>a0001c0006t0067]

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pos	genename hgvs_c hgvs_p annotation	tissue expression gene -log10(pval) slope Tissue name in GTEx database(the target eQTL tissue name of the GTEx database) The -log10(nominal pvalue) in GTEx database Slope in GTEx database (positive value:alt allele has higher gene expression)	ahapid chapid thapid ghapid ahapid_count chapid_count thapid_count ghapid_count	AHAPIDS ahapids	ACHAPIDS achapids	ACTHAPIDS acthapids	ACTGHAPIDS actghapids	haplotypeids haplotypeids	af allele frequency in GTEx database	ms The number of samples with minor allele in GTEx database	ma The number of minor allele count in GTEx database	ver GTEx version	vid Variant ID in GTEx database	strand strand	impact	chr	ref	alt	external
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Haplotype Detail Info [RAPGEFL1_chr17_40172470_40200650>a0001c0006t0067]

🧬 Gene Summary

🧬 JoGo Online Haplotype Explorer RAPGEFL1_chr17_40172470_40200650

AVariants in Amino-acids (protein) level Haplotype (Total: 1)

CVariants in Coding level Haplotype (Total: 1)

TVariants in Transcript level Haplotype (Total: 3)

AAmino-acid (protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 1)

📊 HaplotypeQTL Info

⚡ Splicing Related Variants (Total: 27)

🩺 Clinvar Related Variants (Total: 0)

GWASCatalog Related Variants (Total: 2)

GTEx Related Variants (Page 1 of 2 - Total: 173)