Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr12:120560741	A A	C C	1	a0003 a0003	1	HG02486.hp2 HG02486.hp2	missense_variant	MODERATE	c.983A>C c.983A>C	p.Gln328Pro p.Gln328Pro	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	7/17	1439/3814	983/2436	328/811	chr12	120560741
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chr12:120566897	A A	C C	1	a0005 a0005	1	NA18944.hp1 NA18944.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1958A>C c.1958A>C	p.Asp653Ala p.Asp653Ala	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	13/17	2414/3814	1958/2436	653/811	chr12	120566897
chr12:120575896	A A	C C	1	a0006 a0006	1	HG01884.hp2 HG01884.hp2	missense_variant	MODERATE	c.2305A>C c.2305A>C	p.Ile769Leu p.Ile769Leu	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	16/17	2761/3814	2305/2436	769/811	chr12	120575896
chr12:120577587	C C	T T	1	a0001 a0001	2	HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1	splice_region_variant	LOW	c.921C>T c.921C>T		RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	17/17				chr12	120577587

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chr12:120534904	C C	T T	1	a0001c0011 a0001c0011	1	NA19003.hp2 NA19003.hp2	synonymous_variant	LOW	c.93C>T c.93C>T	p.Ser31Ser p.Ser31Ser	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	1/17	549/3814	93/2436	31/811	chr12	120534904
chr12:120546499	C C	T T	1	a0001c0010 a0001c0010	1	HG02273.hp2 HG02273.hp2	synonymous_variant	LOW	c.252C>T c.252C>T	p.Ser84Ser p.Ser84Ser	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	2/17	708/3814	252/2436	84/811	chr12	120546499
chr12:120563043	G G	A A	1	a0001c0003 a0001c0003	3	HG01081.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01081.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1227G>A c.1227G>A	p.Ala409Ala p.Ala409Ala	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	8/17	1683/3814	1227/2436	409/811	chr12	120563043
chr12:120563361	T T	C C	1	a0001c0005 a0001c0005	1	HG01943.hp2 HG01943.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1269T>C c.1269T>C	p.Tyr423Tyr p.Tyr423Tyr	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	9/17	1725/3814	1269/2436	423/811	chr12	120563361
chr12:120565174	C C	T T	1	a0001c0004 a0001c0004	2	NA18950.hp1 NA19067.hp1 NA18950.hp1 NA19067.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1768C>T c.1768C>T	p.Leu590Leu p.Leu590Leu	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	11/17	2224/3814	1768/2436	590/811	chr12	120565174

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chr12:120534592	GCCT GCCT	G G	1	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	12	HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01243.hp2 others(9): Show HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01243.hp2 HG02257.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02886.hp1 HG03130.hp1 HG03209.hp2 HG03453.hp2	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-215_-213delCTC c.-215_-213delCTC	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	1/17	213	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	120534592
chr12:120534593	C C	T T	2	a0001c0001t0003 a0004c0008t0003 a0001c0001t0003 a0004c0008t0003	64	HG00099.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp2 others(61): Show HG00099.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00673.hp2 HG01099.hp2 HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02129.hp2 HG02135.hp2 HG02145.hp2 HG02258.hp2 HG02300.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp1 HG02698.hp2 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp2 HG03098.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp2 HG03471.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp2 NA18747.hp2 NA18945.hp1 NA18946.hp1 NA18947.hp1 NA18948.hp2 NA18959.hp1 NA18961.hp2 NA18965.hp2 NA18967.hp1 NA18971.hp2 NA18986.hp1 NA18989.hp2 NA18994.hp1 NA18999.hp1 NA19000.hp1 NA19005.hp1 NA19006.hp2 NA19065.hp2 NA19077.hp2 NA19078.hp2 NA19079.hp2 NA19081.hp1 NA19240.hp1 NA21309.hp2	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-219C>T c.-219C>T	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	1/17	219		chr12	120534593
chr12:120576904	G G	A A	1	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	2	HG03669.hp2 HG03710.hp2 HG03669.hp2 HG03710.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.238G>A c.238G>A	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	17/17	238		chr12	120576904
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chr12:120577001	C C	T T	1	a0001c0001t0009 a0001c0001t0009	1	HG03486.hp1 HG03486.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.335C>T c.335C>T	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	17/17	335		chr12	120577001
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chr12:120577431	C C	T T	1	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	1	NA19088.hp1 NA19088.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.765C>T c.765C>T	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	17/17	765		chr12	120577431

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chr12:120535036	A A	T T	5	a0001c0001t0001g0341 a0001c0001t0001g0342 a0001c0001t0001g0343 others(2): Show a0001c0001t0001g0341 a0001c0001t0001g0342 a0001c0001t0001g0343 a0001c0001t0001g0344 a0001c0001t0001g0345	5	HG01261.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp2 others(2): Show HG01261.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG03239.hp2 HG03942.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.157+68A>T c.157+68A>T	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	1/16		chr12	120535036
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chr12:120535436	C C	T T	1	a0001c0001t0001g0338 a0001c0001t0001g0338	1	HG02083.hp1 HG02083.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.157+468C>T c.157+468C>T	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	1/16		chr12	120535436
chr12:120535448	G G	A A	7	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0023 others(4): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027	9	HG01109.hp2 HG01891.hp1 HG02109.hp1 others(6): Show HG01109.hp2 HG01891.hp1 HG02109.hp1 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG03098.hp1 HG03139.hp2 NA20300.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.157+480G>A c.157+480G>A	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	1/16		chr12	120535448
chr12:120535472	C C	A A	1	a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0028	1	HG01346.hp1 HG01346.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.157+504C>A c.157+504C>A	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	1/16		chr12	120535472
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chr12:120576570	C C	G G	10	a0001c0001t0004g0020 a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0327 others(7): Show a0001c0001t0004g0020 a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0327 a0001c0001t0004g0328 a0001c0001t0004g0329 a0001c0001t0004g0330 a0001c0001t0004g0331 a0001c0001t0004g0332 a0001c0001t0004g0333 a0001c0001t0004g0334	12	HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01243.hp2 others(9): Show HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01243.hp2 HG02257.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02886.hp1 HG03130.hp1 HG03209.hp2 HG03453.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.2360-20C>G c.2360-20C>G	RNF10	ENSG00000022840.17	transcript	ENST00000325954.9	protein_coding	16/16		chr12	120576570

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JoGo Online Haplotype Explorer RNF10_chr12_120529356_120582588

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Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 6)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 11)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 9)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 345)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 11)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 19)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 345)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 372)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 6)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 5)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 8)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 566)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)