Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr1:25997617	C C	A A	97	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 others(94): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0189 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0222 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0226 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0003g0164 a0001c0001t0003g0165 a0001c0001t0011g0178 a0001c0001t0011g0188 a0001c0001t0012g0191 a0001c0001t0012g0202 a0001c0001t0021g0215 a0001c0001t0022g0221 a0001c0001t0023g0205 a0001c0001t0024g0185 a0001c0001t0025g0227 a0001c0001t0026g0229 a0001c0004t0001g0027 a0004c0006t0001g0213	118	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00280.hp1 others(115): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01099.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01517.hp2 HG01928.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02135.hp1 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp2 HG02523.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02647.hp2 HG02698.hp2 HG02738.hp2 HG02818.hp1 HG03041.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03486.hp2 HG03491.hp1 HG03492.hp2 HG03540.hp1 HG03654.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG04199.hp2 HG06807.hp2 NA18612.hp1 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18940.hp2 NA18944.hp2 NA18946.hp1 NA18948.hp1 NA18948.hp2 NA18951.hp1 NA18954.hp1 NA18955.hp1 NA18959.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp2 NA18970.hp2 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA18979.hp1 NA18986.hp1 NA18988.hp2 NA18991.hp1 NA18992.hp2 NA18993.hp2 NA18994.hp2 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp1 NA19001.hp1 NA19002.hp1 NA19007.hp2 NA19009.hp1 NA19010.hp1 NA19011.hp1 NA19056.hp2 NA19060.hp1 NA19062.hp1 NA19070.hp1 NA19080.hp2 NA19084.hp2 NA19089.hp1 NA19090.hp1 NA19091.hp2 NA20752.hp1 NA20805.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.-48+408G>T c.-48+408G>T	PAFAH2	ENSG00000158006.14	transcript	ENST00000374282.8	protein_coding	1/10	chr1	25997617
chr1:25997818	A A	T T	1	a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0169	1	NA18955.hp1 NA18955.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.-48+207T>A c.-48+207T>A	PAFAH2	ENSG00000158006.14	transcript	ENST00000374282.8	protein_coding	1/10	chr1	25997818
chr1:25997851	G G	T T	1	a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0168	1	NA18940.hp2 NA18940.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.-48+174C>A c.-48+174C>A	PAFAH2	ENSG00000158006.14	transcript	ENST00000374282.8	protein_coding	1/10	chr1	25997851
chr1:25997888	G G	C C	1	a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0255	1	HG06807.hp2 HG06807.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.-48+137C>G c.-48+137C>G	PAFAH2	ENSG00000158006.14	transcript	ENST00000374282.8	protein_coding	1/10	chr1	25997888
chr1:25997956	C C	T T	1	a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0167	1	HG03654.hp2 HG03654.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.-48+69G>A c.-48+69G>A	PAFAH2	ENSG00000158006.14	transcript	ENST00000374282.8	protein_coding	1/10	chr1	25997956
chr1:25997957	C C	T T	1	a0001c0001t0003g0029 a0001c0001t0003g0029	1	HG03017.hp2 HG03017.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.-48+68G>A c.-48+68G>A	PAFAH2	ENSG00000158006.14	transcript	ENST00000374282.8	protein_coding	1/10	chr1	25997957
chr1:25997981	G G	C C	3	a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0025 a0001c0001t0002g0166 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0025 a0001c0001t0002g0166	5	HG01099.hp2 HG02886.hp1 HG03209.hp1 others(2): Show HG01099.hp2 HG02886.hp1 HG03209.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.-48+44C>G c.-48+44C>G	PAFAH2	ENSG00000158006.14	transcript	ENST00000374282.8	protein_coding	1/10	chr1	25997981

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JoGo Online Haplotype Explorer PAFAH2_chr1_25954767_26003063

JoGo Local Haplotype Explorer (on iGV) PAFAH2_chr1_25954767_26003063

Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 5)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 7)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 26)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 255)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 7)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 32)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 255)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 310)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 4)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 2)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 27)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 353)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)