Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr1:170734840	G G	A A	13	a0001c0001t0004g0032 a0001c0001t0004g0033 a0001c0001t0004g0034 others(10): Show a0001c0001t0004g0032 a0001c0001t0004g0033 a0001c0001t0004g0034 a0001c0001t0004g0037 a0001c0001t0004g0039 a0001c0001t0004g0101 a0001c0001t0004g0174 a0001c0001t0004g0330 a0001c0001t0004g0331 a0001c0001t0004g0332 a0001c0001t0008g0031 a0001c0001t0008g0036 a0001c0001t0008g0038	13	HG00323.hp2 HG01109.hp2 HG01255.hp1 others(10): Show HG00323.hp2 HG01109.hp2 HG01255.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG02273.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG03834.hp1 HG04199.hp1 NA20129.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.600-1208G>A c.600-1208G>A	PRRX1	ENSG00000116132.12	transcript	ENST00000239461.11	protein_coding	3/3		chr1	170734840
chr1:170734963	T T	C C	1	a0001c0001t0004g0124 a0001c0001t0004g0124	1	HG01123.hp2 HG01123.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.600-1085T>C c.600-1085T>C	PRRX1	ENSG00000116132.12	transcript	ENST00000239461.11	protein_coding	3/3		chr1	170734963
chr1:170735464	C C	CA CA	5	a0001c0001t0007g0113 a0001c0001t0007g0141 a0001c0001t0007g0142 others(2): Show a0001c0001t0007g0113 a0001c0001t0007g0141 a0001c0001t0007g0142 a0001c0001t0007g0143 a0001c0001t0007g0145	5	HG02145.hp1 HG02280.hp1 HG02559.hp2 others(2): Show HG02145.hp1 HG02280.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp1 NA19240.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.600-582dupA c.600-582dupA	PRRX1	ENSG00000116132.12	transcript	ENST00000239461.11	protein_coding	3/3	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	170735464
chr1:170735619	C C	G G	3	a0001c0001t0010g0005 a0001c0001t0010g0027 a0001c0001t0035g0149 a0001c0001t0010g0005 a0001c0001t0010g0027 a0001c0001t0035g0149	4	HG02965.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp2 others(1): Show HG02965.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA19030.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.600-429C>G c.600-429C>G	PRRX1	ENSG00000116132.12	transcript	ENST00000239461.11	protein_coding	3/3		chr1	170735619
chr1:170735833	A A	C C	1	a0001c0001t0003g0137 a0001c0001t0003g0137	1	HG02258.hp2 HG02258.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.600-215A>C c.600-215A>C	PRRX1	ENSG00000116132.12	transcript	ENST00000239461.11	protein_coding	3/3		chr1	170735833
chr1:170735856	A A	G G	2	a0001c0001t0003g0148 a0001c0001t0003g0165 a0001c0001t0003g0148 a0001c0001t0003g0165	2	NA18522.hp1 NA20300.hp2 NA18522.hp1 NA20300.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.600-192A>G c.600-192A>G	PRRX1	ENSG00000116132.12	transcript	ENST00000239461.11	protein_coding	3/3		chr1	170735856
chr1:170735858	A A	T T	6	a0001c0001t0007g0014 a0001c0001t0007g0114 a0001c0001t0007g0188 others(3): Show a0001c0001t0007g0014 a0001c0001t0007g0114 a0001c0001t0007g0188 a0001c0001t0007g0189 a0001c0001t0019g0167 a0001c0001t0019g0170	6	HG02055.hp1 HG02145.hp2 HG02572.hp2 others(3): Show HG02055.hp1 HG02145.hp2 HG02572.hp2 HG02895.hp1 HG03195.hp1 HG03486.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.600-190A>T c.600-190A>T	PRRX1	ENSG00000116132.12	transcript	ENST00000239461.11	protein_coding	3/3		chr1	170735858

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JoGo Online Haplotype Explorer PRRX1_chr1_170659131_170744421

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Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 4)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 4)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 36)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 350)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 4)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 38)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 350)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 356)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 3)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 28)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 811)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)