Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr1:28862380	A A	G G	3	a0001c0001t0026g0088 a0001c0001t0026g0089 a0003c0008t0055g0032 a0001c0001t0026g0088 a0001c0001t0026g0089 a0003c0008t0055g0032	3	HG01891.hp1 HG02486.hp2 HG03516.hp2 HG01891.hp1 HG02486.hp2 HG03516.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.578-362A>G c.578-362A>G	OPRD1	ENSG00000116329.12	transcript	ENST00000234961.7	protein_coding	2/2		chr1	28862380
chr1:28862661	A A	G G	8	a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0210 a0001c0001t0030g0155 others(5): Show a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0210 a0001c0001t0030g0155 a0001c0001t0030g0161 a0002c0010t0043g0198 a0003c0008t0002g0028 a0003c0008t0047g0031 a0003c0008t0055g0032	8	HG01070.hp2 HG01109.hp1 HG01891.hp1 others(5): Show HG01070.hp2 HG01109.hp1 HG01891.hp1 HG02055.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02976.hp1 HG06807.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.578-81A>G c.578-81A>G	OPRD1	ENSG00000116329.12	transcript	ENST00000234961.7	protein_coding	2/2		chr1	28862661
chr1:28862665	G G	T T	3	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124	4	NA18945.hp1 NA18984.hp1 NA19007.hp1 others(1): Show NA18945.hp1 NA18984.hp1 NA19007.hp1 NA19087.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.578-77G>T c.578-77G>T	OPRD1	ENSG00000116329.12	transcript	ENST00000234961.7	protein_coding	2/2		chr1	28862665
chr1:28862677	G G	T T	1	a0001c0001t0013g0189 a0001c0001t0013g0189	1	HG01978.hp2 HG01978.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.578-65G>T c.578-65G>T	OPRD1	ENSG00000116329.12	transcript	ENST00000234961.7	protein_coding	2/2		chr1	28862677
chr1:28862707	C C	T T	2	a0001c0002t0005g0117 a0001c0002t0061g0145 a0001c0002t0005g0117 a0001c0002t0061g0145	2	HG02071.hp1 HG02523.hp1 HG02071.hp1 HG02523.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.578-35C>T c.578-35C>T	OPRD1	ENSG00000116329.12	transcript	ENST00000234961.7	protein_coding	2/2		chr1	28862707

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JoGo Online Haplotype Explorer OPRD1_chr1_28807170_28876267

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Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 5)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 12)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 81)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 293)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 12)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 95)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 295)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 304)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 4)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 5)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 86)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 629)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)