Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

Search by Variant

Regionname

Chr

Snpeff genename

Sampleids

Snpeff haplotype class

Snpeff annotation impact

Snpeff annotation impact detail

Hapid

Samplehapid

No_hapid

No_samplehapid

Start

End

Minac

Maxac

Minlen

Maxlen

Sort By

Order by

view	regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	chapids	thapids	thapids	ac	an	af	len	hgvs_c	hgvs_p	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	cdna cdna pos length	cds cds pos length	aa aa pos length	distance	status	chr	external
	ZZZ3_chr1_77557416_77687658	77687107	C C	G G	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 others(37): Show HG00099.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01175.hp1 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01516.hp1 HG01934.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp2 HG02273.hp2 HG02300.hp1 HG02559.hp1 HG02602.hp2 HG02683.hp2 HG02965.hp1 HG03017.hp2 HG03098.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03669.hp1 HG03704.hp1 HG03834.hp2 HG03942.hp2 HG04204.hp2 HG04228.hp2 NA19030.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp1	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0004c0005 a0001c0001 a0004c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0004c0005t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0004c0005t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0038 others(36): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0009g0054 a0004c0005t0001g0120 a0004c0005t0001g0121	40	346	0.1156	0	c.-49 others(5): Show c.-4925G>C		ZZZ3	ENSG00000036549.13	transcript	ENST00000370801.8	protein_coding					4449		chr1	TogoVar
	ZZZ3_chr1_77557416_77687658	77687120	C C	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp2 others(117): Show HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00735.hp2 HG01070.hp2 HG01099.hp1 HG01109.hp1 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02056.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02683.hp1 HG02717.hp2 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp1 HG03927.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18612.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp1 NA18940.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18943.hp2 NA18948.hp2 NA18952.hp1 NA18953.hp2 NA18957.hp1 NA18960.hp1 NA18961.hp1 NA18963.hp1 NA18964.hp1 NA18966.hp1 NA18967.hp2 NA18972.hp2 NA18982.hp2 NA18984.hp1 NA18986.hp1 NA18990.hp1 NA18993.hp2 NA18994.hp2 NA18999.hp2 NA19000.hp2 NA19003.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19007.hp2 NA19009.hp1 NA19011.hp1 NA19012.hp2 NA19043.hp2 NA19054.hp2 NA19058.hp1 NA19060.hp2 NA19065.hp1 NA19067.hp2 NA19072.hp2 NA19079.hp1 NA19084.hp1 NA19085.hp1 NA19088.hp1 NA19091.hp2 NA19240.hp1 NA20300.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0005 a0007 others(2): Show a0001 a0005 a0007 a0009 a0010	a0001c0001 a0001c0007 a0005c0004 others(3): Show a0001c0001 a0001c0007 a0005c0004 a0007c0010 a0009c0012 a0010c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(13): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0007t0002 a0005c0004t0002 a0007c0010t0002 a0009c0012t0002 a0010c0009t0002	a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0253 others(116): Show a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0315 a0001c0001t0002g0147 a0001c0001t0002g0197 a0001c0001t0002g0198 a0001c0001t0002g0199 a0001c0001t0002g0200 a0001c0001t0002g0201 a0001c0001t0002g0202 a0001c0001t0002g0203 a0001c0001t0002g0204 a0001c0001t0002g0205 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0002g0207 a0001c0001t0002g0208 a0001c0001t0002g0209 a0001c0001t0002g0210 a0001c0001t0002g0211 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0002g0213 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0220 a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0223 a0001c0001t0002g0224 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0002g0228 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0232 a0001c0001t0002g0233 a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0002g0235 a0001c0001t0002g0236 a0001c0001t0002g0237 a0001c0001t0002g0238 a0001c0001t0002g0243 a0001c0001t0002g0244 a0001c0001t0002g0245 a0001c0001t0002g0246 a0001c0001t0002g0248 a0001c0001t0002g0249 a0001c0001t0002g0250 a0001c0001t0002g0251 a0001c0001t0002g0262 a0001c0001t0002g0263 a0001c0001t0002g0267 a0001c0001t0002g0268 a0001c0001t0002g0269 a0001c0001t0002g0270 a0001c0001t0002g0279 a0001c0001t0002g0280 a0001c0001t0002g0281 a0001c0001t0002g0283 a0001c0001t0002g0284 a0001c0001t0002g0285 a0001c0001t0002g0288 a0001c0001t0002g0289 a0001c0001t0002g0290 a0001c0001t0002g0291 a0001c0001t0002g0294 a0001c0001t0002g0295 a0001c0001t0002g0296 a0001c0001t0002g0297 a0001c0001t0002g0298 a0001c0001t0002g0299 a0001c0001t0002g0300 a0001c0001t0002g0303 a0001c0001t0002g0304 a0001c0001t0002g0305 a0001c0001t0002g0306 a0001c0001t0002g0307 a0001c0001t0002g0308 a0001c0001t0002g0309 a0001c0001t0002g0310 a0001c0001t0002g0311 a0001c0001t0002g0312 a0001c0001t0002g0313 a0001c0001t0002g0314 a0001c0001t0002g0316 a0001c0001t0002g0317 a0001c0001t0002g0318 a0001c0001t0002g0319 a0001c0001t0002g0320 a0001c0001t0002g0321 a0001c0001t0002g0322 a0001c0001t0002g0323 a0001c0001t0002g0324 a0001c0001t0003g0256 a0001c0001t0003g0257 a0001c0001t0003g0258 a0001c0001t0003g0341 a0001c0001t0003g0342 a0001c0001t0004g0292 a0001c0001t0005g0006 a0001c0001t0005g0239 a0001c0001t0005g0241 a0001c0001t0005g0242 a0001c0001t0006g0282 a0001c0001t0006g0286 a0001c0001t0006g0287 a0001c0001t0007g0240 a0001c0001t0008g0148 a0001c0001t0014g0293 a0001c0001t0015g0259 a0001c0001t0017g0225 a0001c0007t0002g0216 a0005c0004t0002g0301 a0005c0004t0002g0302 a0007c0010t0002g0227 a0009c0012t0002g0218 a0010c0009t0002g0230	120	346	0.3468	0	c.-49 others(5): Show c.-4938G>A		ZZZ3	ENSG00000036549.13	transcript	ENST00000370801.8	protein_coding					4462		chr1	TogoVar
	ZZZ3_chr1_77557416_77687658	77687328	G G	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG03486.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG03486.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0003	a0001c0001t0003g0162 a0001c0001t0003g0163 a0001c0001t0003g0164 a0001c0001t0003g0162 a0001c0001t0003g0163 a0001c0001t0003g0164	3	346	0.0087	0	c.-51 others(5): Show c.-5146C>T		ZZZ3	ENSG00000036549.13	transcript	ENST00000370801.8	protein_coding					4670		chr1	TogoVar
	ZZZ3_chr1_77557416_77687658	77687412	T T	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 others(3): Show HG01891.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02647.hp2 HG03516.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004	a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0004g0011 others(3): Show a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0004g0011 a0001c0001t0004g0012 a0001c0001t0004g0013 a0001c0001t0004g0014	6	346	0.0173	0	c.-52 others(5): Show c.-5230A>T		ZZZ3	ENSG00000036549.13	transcript	ENST00000370801.8	protein_coding					4754		chr1	TogoVar
	ZZZ3_chr1_77557416_77687658	77687490	C C	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 others(3): Show HG01891.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02647.hp2 HG03516.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004	a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0004g0011 others(3): Show a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0004g0011 a0001c0001t0004g0012 a0001c0001t0004g0013 a0001c0001t0004g0014	6	346	0.0173	0	c.-53 others(5): Show c.-5308G>T		ZZZ3	ENSG00000036549.13	transcript	ENST00000370801.8	protein_coding					4832		chr1	TogoVar