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Regionname

ALDH2_chr12_111761933_111822532 / BRCA1_chr17_43039295_43130364 etc.

Chr

Snpeff genename

Sampleids

Snpeff haplotype class

Snpeff annotation impact

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Hapid

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ZMAT2_chr5_140695447_140711686	140708816	A A	ATT ATT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp2 others(6): Show HG00280.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp2 HG02615.hp2 HG03490.hp1 HG03516.hp2 NA18950.hp1 NA19006.hp1 NA19072.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0003t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0003t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0005 others(3): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0008g0002 a0001c0003t0001g0035	9	380	0.0237	2	c.30 others(13): Show c.3060_*3061insTT	ZMAT2	ENSG00000146007.11	transcript	ENST00000274712.8	protein_coding		2131		chr5	TogoVar
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ZMAT3_chr3_179012223_179076809	179026379	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp2 HG01123.hp1 HG01175.hp1 others(14): Show HG01106.hp2 HG01123.hp1 HG01175.hp1 HG01257.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG02165.hp1 HG02886.hp1 HG03492.hp1 HG04115.hp2 HG04199.hp1 NA18747.hp1 NA18950.hp1 NA18966.hp1 NA18967.hp1 NA18979.hp1 NA19057.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(11): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0015 a0001c0001t0023 a0001c0001t0033 a0001c0001t0036 a0001c0001t0060 a0001c0001t0061 a0001c0001t0064 a0001c0001t0065 a0001c0001t0170 a0001c0001t0173 a0001c0001t0174	a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0320 a0001c0001t0004g0070 others(12): Show a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0320 a0001c0001t0004g0070 a0001c0001t0005g0002 a0001c0001t0015g0319 a0001c0001t0023g0264 a0001c0001t0033g0318 a0001c0001t0036g0304 a0001c0001t0060g0328 a0001c0001t0061g0333 a0001c0001t0064g0334 a0001c0001t0065g0332 a0001c0001t0170g0220 a0001c0001t0173g0286 a0001c0001t0174g0065	17	350	0.0486	2	c.658 others(19): Show c.658+1042_658+1043dupAA	ZMAT3	ENSG00000172667.11	transcript	ENST00000311417.7	protein_coding	5/5			chr3	TogoVar
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