Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

Search by Variant

Regionname

Chr

Snpeff genename

Sampleids

Snpeff haplotype class

Snpeff annotation impact

Snpeff annotation impact detail

Hapid

Samplehapid

No_hapid

No_samplehapid

Start

End

Minac

Maxac

Minlen

Maxlen

Sort By

Order by

view	regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	chapids	thapids	thapids	ac	an	af	len	hgvs_c	hgvs_p	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	cdna cdna pos length	cds cds pos length	aa aa pos length	distance	status	chr	external
	ZNF365_chr10_62369369_62407450	62370962	C C	CATATATG others(392): Show CATATATGTGATATATATCACATATGTGATATATATCATATCACATATCA TATGACATATCATATCACATATCACATATCACATATCACATATCACATAT CATATGATATATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATCATA TATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATATCACA TATGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATATCACATATGCTATA TAGCATACGTGATATATATCATATATATCATATATGATGTATAGCATGAT ATATATGCTATATATCACATGTGATATATAGCATATATATCACATGTGAT ATATAGCATATATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATGAT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01934.hp1 HG02004.hp1 HG01934.hp1 HG02004.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0154	2	329	0.0061	399	c.-35 others(410): Show c.-3510_-3509insATATATGTGATATATATCACATATGTGATATATA TCATATCACATATCATATGACATATCATATCACATATCACATATCACATA TCACATATCACATATCATATGATATATATCACATGTGATATATAGCATAT GTGATATATATCATATATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATAT ATCATATATATCACATATGATATATAGCATATGTGATATATATCATATAT ATCACATATGCTATATAGCATACGTGATATATATCATATATATCATATAT GATGTATAGCATGATATATATGCTATATATCACATGTGATATATAGCATA TATATCACATGTGATATATAGCATATATATCACATGTGATATATAGCATA TGTGATATATATGAT		ZNF365	ENSG00000138311.18	transcript	ENST00000395254.8	protein_coding					3406		chr10	TogoVar
	ZNF365_chr10_62369369_62407450	62370988	A A	ACATATAT others(392): Show ACATATATGATATATATCATATATGTGATATATATCATATATATCACATA TATGATATATATCATATATGTGATATATATCACATATGTGATATATATCA TATCACATATCATATGACATATCATATCACATATCACATATCACATATCA TATGATATATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATCATATA TATCACATATGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATATCACATA TGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATATCACATGTGATATATA GCATATGTGATATATATGATATATGTGATATATATCATATGTGATATATA TGATATATATCACATATATATGATATATATCACATATATATGATATATAT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01175.hp1 HG01175.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0129 a0001c0001t0002g0129	1	343	0.0029	399	c.-34 others(410): Show c.-3484_-3483insCATATATGATATATATCATATATGTGATATATAT CATATATATCACATATATGATATATATCATATATGTGATATATATCACAT ATGTGATATATATCATATCACATATCATATGACATATCATATCACATATC ACATATCACATATCATATGATATATATCACATGTGATATATAGCATATGT GATATATATCATATATATCACATATGATATATAGCATATGTGATATATAT CATATATATCACATATGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATAT CACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATGATATATGTGATATATAT CATATGTGATATATATGATATATATCACATATATATGATATATATCACAT ATATATGATATATAT		ZNF365	ENSG00000138311.18	transcript	ENST00000395254.8	protein_coding					3380		chr10	TogoVar
	ZNF383_chr19_37213214_37253740	37242104	A A	ATAGATAC others(392): Show ATAGATACTATATAGATACTATATATAGTATAGATACTATACTATATATG GTATCTATACTATATATAGTATAGTATCTATATAGTATCTATACTATATA TAGTATCTATATATAGTATATATAGTTTCTATACTATATAGTATATATAG TACTATAGTATCTAGATACTATATATACTATATATACTATATAAGTATAC TTTTATAGTATATATAGATACTACATATAGTATCTATATCTATATATGTC TAAGATATATCATATCTATATAAGTATACTTATATAGTATATATAGATAC TATAGTATACTTATATATAGATACTATAGTATACTTATATAAGTATACTT ATATAGATATGTGATATATCTTAGACATATATAGATATAGATACTATATG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18962.hp1 NA19085.hp1 NA18962.hp1 NA19085.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0011 a0001c0001t0090 a0001c0001t0011 a0001c0001t0090	a0001c0001t0011g0113 a0001c0001t0090g0111 a0001c0001t0011g0113 a0001c0001t0090g0111	2	240	0.0083	399	c.233 others(414): Show c.233-362_233-361insATACTATATAGATACTATATATAGTATAGA TACTATACTATATATGGTATCTATACTATATATAGTATAGTATCTATATA GTATCTATACTATATATAGTATCTATATATAGTATATATAGTTTCTATAC TATATAGTATATATAGTACTATAGTATCTAGATACTATATATACTATATA TACTATATAAGTATACTTTTATAGTATATATAGATACTACATATAGTATC TATATCTATATATGTCTAAGATATATCATATCTATATAAGTATACTTATA TAGTATATATAGATACTATAGTATACTTATATATAGATACTATAGTATAC TTATATAAGTATACTTATATAGATATGTGATATATCTTAGACATATATAG ATATAGATACTATATGTAG		ZNF383	ENSG00000188283.12	transcript	ENST00000684119.1	protein_coding	5/5					INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar