Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

Search by Variant

Regionname

Chr

Snpeff genename

Sampleids

Snpeff haplotype class

Snpeff annotation impact

Snpeff annotation impact detail

Hapid

Samplehapid

No_hapid

No_samplehapid

Start

End

Minac

Maxac

Minlen

Maxlen

Sort By

Order by

view	regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	chapids	thapids	thapids	ac	an	af	len	hgvs_c	hgvs_p	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	cdna cdna pos length	cds cds pos length	aa aa pos length	distance	status	chr	external
	UNC5C_chr4_95157504_95553973	95196869	T T	TTATGTAA others(392): Show TTATGTAATATATAATATTTATATATTATATTTATGTAATATATAATATT TATATATTATATTTATGTAATATATAATATTTATATATTATATTTATGTA ATATATAATATTTATATATTATATTTATGTAATATATAATATTTATATAT TATATTTATGTAATATATAATATTTATATATTATATTTATGTAATATATA ATATTTATATATATTTATGTAATATATAATATTTATATATATTTATGTAA TATATAATATTTATATATATTTATGTAATATATAATATTTATATATATTT ATGTAATATATAATATTTATATATTATATTTATGTAATATATAATATATA TTTATATATTATATTTATGTAATATATAATATATATTTATATATTATATG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01074.hp1 HG01074.hp1	a0004 a0004	a0004c0022 a0004c0022	a0004c0022t0015 a0004c0022t0015	a0004c0022t0015g0149 a0004c0022t0015g0149	1	204	0.0049	399	c.213 others(418): Show c.2136+5861_2136+5862insCATATAATATATAAATATATATTATA TATTACATAAATATAATATATAAATATATATTATATATTACATAAATATA ATATATAAATATTATATATTACATAAATATATATAAATATTATATATTAC ATAAATATATATAAATATTATATATTACATAAATATATATAAATATTATA TATTACATAAATATATATAAATATTATATATTACATAAATATAATATATA AATATTATATATTACATAAATATAATATATAAATATTATATATTACATAA ATATAATATATAAATATTATATATTACATAAATATAATATATAAATATTA TATATTACATAAATATAATATATAAATATTATATATTACATAAATATAAT ATATAAATATTATATATTACATA		UNC5C	ENSG00000182168.16	transcript	ENST00000453304.6	protein_coding	12/15						chr4	TogoVar
	VCX_chrX_7838171_7849143	7844370	A A	AGGGAGGG others(392): Show AGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGAGGGGAGGGAGGGAGGGAGGAA GAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGA GGGAGGAAGAGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGT GGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGGA GGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGA GGGAGGGAGGAAGAGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGT GTGTGGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGA GGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02056.hp1 HG02056.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0001	1	341	0.0029	399	c.35 others(408): Show c.354_*355insGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGAGGGGAGGG AGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGT GTGTGGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGGAGGA AGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGG AGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGAAGAGG TGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGG AGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGT GGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGGTGGTGTGTGGGGAGGGAGGGAGGAA GAGGTGGTGTGTG		VCX	ENSG00000182583.13	transcript	ENST00000688183.1	protein_coding					228		chrX	TogoVar
	WDR64_chr1_241647281_241807777	241675038	T T	TCCTGCCT others(392): Show TCCTGCCTCCCTCCCTCCTTCCTGCCTCCCTCCCTCCTTCCTGCCTCCCT CCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTTCCTT CCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTGCCTCCCTCCCTCCCTC CTGCCTCCCTCCCTCCTTCCTGCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCC CTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCC TCCCTCCCTCCTCCCTTCCTCCCTCCCTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCT TCCTCCCTCCCTCCCTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCTTCCTCCCTCCCT CCCTCCTGCCTCCCTCCCTCCCTCCTGCCTCCCTCCCTCCTTCCTGCCTC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00673.hp2 NA19081.hp1 HG00673.hp2 NA19081.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0010 a0001c0001t0001 a0001c0001t0010	a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0010g0087 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0010g0087	2	326	0.0061	399	c.483 others(414): Show c.483+292_483+293insCTGCCTCCCTCCCTCCTTCCTGCCTCCCTC CCTCCTTCCTGCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTTCCTTC CTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCC TGCCTCCCTCCCTCCCTCCTGCCTCCCTCCCTCCTTCCTGCCTCCCTCCC TCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCT CCCTCCCTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCTCCCTTCCTCCCTCCCTCCTC CCTCCCTCCCTCCCTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCTTCCTCCCTCCCTC CCTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCTGCCTCCCTCCCTCCCTCCTGCCTCC CTCCCTCCTTCCTGCCTCC		WDR64	ENSG00000162843.18	transcript	ENST00000437684.7	protein_coding	4/27					INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
	ZNF365_chr10_62369369_62407450	62370962	C C	CATATATG others(392): Show CATATATGTGATATATATCACATATGTGATATATATCATATCACATATCA TATGACATATCATATCACATATCACATATCACATATCACATATCACATAT CATATGATATATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATCATA TATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATATCACA TATGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATATCACATATGCTATA TAGCATACGTGATATATATCATATATATCATATATGATGTATAGCATGAT ATATATGCTATATATCACATGTGATATATAGCATATATATCACATGTGAT ATATAGCATATATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATGAT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01934.hp1 HG02004.hp1 HG01934.hp1 HG02004.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0154	2	350	0.0057	399	c.-35 others(410): Show c.-3510_-3509insATATATGTGATATATATCACATATGTGATATATA TCATATCACATATCATATGACATATCATATCACATATCACATATCACATA TCACATATCACATATCATATGATATATATCACATGTGATATATAGCATAT GTGATATATATCATATATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATAT ATCATATATATCACATATGATATATAGCATATGTGATATATATCATATAT ATCACATATGCTATATAGCATACGTGATATATATCATATATATCATATAT GATGTATAGCATGATATATATGCTATATATCACATGTGATATATAGCATA TATATCACATGTGATATATAGCATATATATCACATGTGATATATAGCATA TGTGATATATATGAT		ZNF365	ENSG00000138311.18	transcript	ENST00000395254.8	protein_coding					3406		chr10	TogoVar
	ZNF365_chr10_62369369_62407450	62370988	A A	ACATATAT others(392): Show ACATATATGATATATATCATATATGTGATATATATCATATATATCACATA TATGATATATATCATATATGTGATATATATCACATATGTGATATATATCA TATCACATATCATATGACATATCATATCACATATCACATATCACATATCA TATGATATATATCACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATCATATA TATCACATATGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATATCACATA TGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATATCACATGTGATATATA GCATATGTGATATATATGATATATGTGATATATATCATATGTGATATATA TGATATATATCACATATATATGATATATATCACATATATATGATATATAT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01175.hp1 HG01175.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0129 a0001c0001t0002g0129	1	350	0.0029	399	c.-34 others(410): Show c.-3484_-3483insCATATATGATATATATCATATATGTGATATATAT CATATATATCACATATATGATATATATCATATATGTGATATATATCACAT ATGTGATATATATCATATCACATATCATATGACATATCATATCACATATC ACATATCACATATCATATGATATATATCACATGTGATATATAGCATATGT GATATATATCATATATATCACATATGATATATAGCATATGTGATATATAT CATATATATCACATATGATATATAGCATATGTGATATATATCATATATAT CACATGTGATATATAGCATATGTGATATATATGATATATGTGATATATAT CATATGTGATATATATGATATATATCACATATATATGATATATATCACAT ATATATGATATATAT		ZNF365	ENSG00000138311.18	transcript	ENST00000395254.8	protein_coding					3380		chr10	TogoVar
	ZNF383_chr19_37213214_37253740	37242104	A A	ATAGATAC others(392): Show ATAGATACTATATAGATACTATATATAGTATAGATACTATACTATATATG GTATCTATACTATATATAGTATAGTATCTATATAGTATCTATACTATATA TAGTATCTATATATAGTATATATAGTTTCTATACTATATAGTATATATAG TACTATAGTATCTAGATACTATATATACTATATATACTATATAAGTATAC TTTTATAGTATATATAGATACTACATATAGTATCTATATCTATATATGTC TAAGATATATCATATCTATATAAGTATACTTATATAGTATATATAGATAC TATAGTATACTTATATATAGATACTATAGTATACTTATATAAGTATACTT ATATAGATATGTGATATATCTTAGACATATATAGATATAGATACTATATG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18962.hp1 NA19085.hp1 NA18962.hp1 NA19085.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0011 a0001c0001t0096 a0001c0001t0011 a0001c0001t0096	a0001c0001t0011g0115 a0001c0001t0096g0113 a0001c0001t0011g0115 a0001c0001t0096g0113	2	404	0.0050	399	c.233 others(414): Show c.233-362_233-361insATACTATATAGATACTATATATAGTATAGA TACTATACTATATATGGTATCTATACTATATATAGTATAGTATCTATATA GTATCTATACTATATATAGTATCTATATATAGTATATATAGTTTCTATAC TATATAGTATATATAGTACTATAGTATCTAGATACTATATATACTATATA TACTATATAAGTATACTTTTATAGTATATATAGATACTACATATAGTATC TATATCTATATATGTCTAAGATATATCATATCTATATAAGTATACTTATA TAGTATATATAGATACTATAGTATACTTATATATAGATACTATAGTATAC TTATATAAGTATACTTATATAGATATGTGATATATCTTAGACATATATAG ATATAGATACTATATGTAG		ZNF383	ENSG00000188283.12	transcript	ENST00000684119.1	protein_coding	5/5					INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar