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chr1:52087086	G G	A A	8	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 others(5): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023	63	HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00609.hp1 others(60): Show HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00609.hp1 HG00673.hp1 HG01109.hp1 HG01167.hp1 HG01175.hp1 HG01891.hp1 HG01928.hp2 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02071.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03579.hp1 NA18612.hp1 NA18906.hp2 NA18955.hp1 NA18965.hp1 NA18973.hp2 NA18980.hp1 NA18982.hp2 NA18983.hp2 NA18985.hp2 NA19000.hp2 NA19010.hp2 NA19054.hp1 NA19074.hp1 NA19077.hp1 NA19081.hp2 NA19082.hp2 NA19084.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA21309.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.328G>A c.328G>A	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	328		chr1	52087086
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chr1:52087273	C C	G G	8	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 others(5): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023	63	HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00609.hp1 others(60): Show HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00609.hp1 HG00673.hp1 HG01109.hp1 HG01167.hp1 HG01175.hp1 HG01891.hp1 HG01928.hp2 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02071.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03579.hp1 NA18612.hp1 NA18906.hp2 NA18955.hp1 NA18965.hp1 NA18973.hp2 NA18980.hp1 NA18982.hp2 NA18983.hp2 NA18985.hp2 NA19000.hp2 NA19010.hp2 NA19054.hp1 NA19074.hp1 NA19077.hp1 NA19081.hp2 NA19082.hp2 NA19084.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA21309.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.515C>G c.515C>G	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	515		chr1	52087273
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chr1:52087451	C C	T T	1	a0001c0001t0036 a0001c0001t0036	1	HG03579.hp2 HG03579.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.693C>T c.693C>T	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	693		chr1	52087451
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chr1:52088079	T T	G G	1	a0001c0001t0020 a0001c0001t0020	2	HG02258.hp2 NA20129.hp1 HG02258.hp2 NA20129.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1321T>G c.1321T>G	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	1321		chr1	52088079
chr1:52088135	A A	G G	1	a0001c0001t0034 a0001c0001t0034	1	HG01943.hp1 HG01943.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1377A>G c.1377A>G	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	1377		chr1	52088135
chr1:52088527	A A	G G	1	a0001c0001t0010 a0001c0001t0010	5	HG00609.hp2 HG00673.hp2 NA18959.hp2 others(2): Show HG00609.hp2 HG00673.hp2 NA18959.hp2 NA18966.hp2 NA19063.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1769A>G c.1769A>G	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	1769		chr1	52088527
chr1:52088913	A A	AT AT	6	a0001c0001t0002 a0001c0001t0013 a0001c0001t0018 others(3): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0013 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0001t0030	36	HG01109.hp2 HG01243.hp2 HG01884.hp1 others(33): Show HG01109.hp2 HG01243.hp2 HG01884.hp1 HG02055.hp1 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02451.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG02723.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG03041.hp1 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03834.hp1 HG04115.hp2 HG04199.hp2 NA18522.hp2 NA18966.hp1 NA19000.hp1 NA19011.hp1 NA19043.hp1 NA19054.hp1 NA19076.hp1 NA19076.hp2 NA19077.hp2 NA19083.hp2 NA19240.hp1 NA20300.hp1 NA20905.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2173dupT c.2173dupT	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	2174	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	52088913
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chr1:52088913	A A	ATTT ATTT	4	a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 others(1): Show a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 a0001c0001t0032	13	HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG01167.hp1 others(10): Show HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG01167.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG02040.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp1 HG02717.hp2 HG02735.hp2 NA19084.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2171_2173dupTTT c.2171_2173dupTTT	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	2174	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	52088913
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chr1:52089303	C C	T T	1	a0001c0001t0017 a0001c0001t0017	2	NA18942.hp2 NA19064.hp1 NA18942.hp2 NA19064.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2545C>T c.2545C>T	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	2545		chr1	52089303
chr1:52089313	T T	A A	1	a0001c0001t0031 a0001c0001t0031	1	HG02965.hp2 HG02965.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2555T>A c.2555T>A	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	6/6	2555		chr1	52089313
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chr1:52086623	T T	C C	2	a0001c0001t0016g0073 a0001c0001t0016g0074 a0001c0001t0016g0073 a0001c0001t0016g0074	2	HG02055.hp2 HG03098.hp1 HG02055.hp2 HG03098.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.431-89T>C c.431-89T>C	BTF3L4	ENSG00000134717.18	transcript	ENST00000313334.13	protein_coding	5/5		chr1	52086623

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JoGo Online Haplotype Explorer BTF3L4_chr1_52051295_52095716

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Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 1)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 37)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 262)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 1)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 37)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 264)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 276)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 0)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 0)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 37)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 379)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)