Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	ahapid	alen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	aseq	genename	chr	start	end
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0004	755	15	0	1	11	0	3	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0005	1397	13	11	2	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0006	1397	11	1	5	2	2	1	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0007	1397	10	0	0	10	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0008	1397	10	5	1	3	1	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0009	1397	9	1	3	0	1	4	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0010	755	9	0	1	6	0	2	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0011	1397	5	2	0	2	1	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0012	1397	3	0	0	3	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0013	1397	2	2	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0014	1397	2	2	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0015	1397	2	0	1	0	1	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0016	1397	2	2	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0017	1397	2	2	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0018	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0019	165	1	0	1	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0020	755	1	0	0	0	0	1	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0021	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0022	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0023	1397	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0024	1397	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0025	1397	1	0	1	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0026	1397	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0027	808	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0028	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0029	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0030	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0031	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0032	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0033	1397	1	0	0	0	0	1	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0034	1397	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0035	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0036	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0037	786	1	0	1	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0038	1397	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0039	1397	1	0	1	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0040	1397	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0041	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0042	1397	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0043	812	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0044	755	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0045	1278	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30A_chr10_37120598_37237567	0/0	a0046	1397	1	1	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30A	chr10	37120598	37237567
ANKRD30BL_chr2_132142591_132166952	1/1	a0001	258	396	84	62	188	10	50	copy fasta	ANKRD30BL	chr2	132142591	132166952
ANKRD30BL_chr2_132142591_132166952	0/0	a0002	258	3	0	0	3	0	0	copy fasta	ANKRD30BL	chr2	132142591	132166952
ANKRD30BL_chr2_132142591_132166952	0/0	a0003	258	2	2	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30BL	chr2	132142591	132166952
ANKRD30BL_chr2_132142591_132166952	0/0	a0004	258	2	2	0	0	0	0	copy fasta	ANKRD30BL	chr2	132142591	132166952
ANKRD30BL_chr2_132142591_132166952	0/0	a0005	258	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30BL	chr2	132142591	132166952
ANKRD30BL_chr2_132142591_132166952	0/0	a0006	258	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30BL	chr2	132142591	132166952
ANKRD30BL_chr2_132142591_132166952	0/0	a0007	258	1	0	0	1	0	0	copy fasta	ANKRD30BL	chr2	132142591	132166952