JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	ghapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	genename	chr	start	end
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0329	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0330	1	0	0	0	0	1	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0331	1	1	0	0	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0332	1	1	0	0	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0333	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0334	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0335	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0336	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0337	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0338	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0339	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0340	1	0	0	0	0	1	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0341	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0342	1	0	0	0	0	1	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0343	1	0	1	0	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0344	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0345	1	0	0	0	0	1	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0346	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0347	1	1	0	0	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0348	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0349	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0350	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0351	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0352	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0353	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0354	1	1	0	0	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0355	1	1	0	0	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0356	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0357	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST6_chr16_75467052_75500441	0/0	g0358	1	0	0	1	0	0	CHST6	chr16	75467052	75500441
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/1	g0001	25	1	5	13	1	4	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0002	24	0	6	15	2	1	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0003	10	0	0	10	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0004	9	0	3	1	1	4	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0005	6	5	1	0	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0006	5	0	2	3	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0007	5	5	0	0	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0008	5	0	1	3	0	1	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0009	4	0	2	2	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0010	4	0	0	3	1	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0011	3	3	0	0	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0012	3	0	0	0	0	3	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0013	3	1	0	2	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0014	3	0	0	3	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0015	3	0	2	0	1	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0016	3	0	1	2	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0017	3	0	3	0	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0018	3	2	1	0	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0019	2	2	0	0	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496
CHST7_chrX_46568765_46603496	0/0	g0020	2	0	2	0	0	0	CHST7	chrX	46568765	46603496