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Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

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regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	ghapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	genename	chr	start	end
AMH_chr19_2244323_2257073	0/0	g0016	1	0	0	1	0	0	AMH	chr19	2244323	2257073
AMH_chr19_2244323_2257073	0/0	g0017	1	1	0	0	0	0	AMH	chr19	2244323	2257073
AMH_chr19_2244323_2257073	0/0	g0018	1	0	0	0	0	1	AMH	chr19	2244323	2257073
AMH_chr19_2244323_2257073	0/0	g0019	1	1	0	0	0	0	AMH	chr19	2244323	2257073
AMH_chr19_2244323_2257073	0/0	g0020	1	1	0	0	0	0	AMH	chr19	2244323	2257073
AMH_chr19_2244323_2257073	0/0	g0021	1	0	0	0	1	0	AMH	chr19	2244323	2257073
AMIGO1_chr1_109499178_109514727	1/0	g0001	127	12	27	75	4	8	AMIGO1	chr1	109499178	109514727
AMIGO1_chr1_109499178_109514727	0/0	g0002	84	10	3	60	1	10	AMIGO1	chr1	109499178	109514727
AMIGO1_chr1_109499178_109514727	0/0	g0003	47	31	2	10	2	2	AMIGO1	chr1	109499178	109514727
AMIGO1_chr1_109499178_109514727	0/1	g0004	39	11	7	3	2	15	AMIGO1	chr1	109499178	109514727
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AMIGO1_chr1_109499178_109514727	0/0	g0020	1	0	0	0	0	1	AMIGO1	chr1	109499178	109514727
AMIGO1_chr1_109499178_109514727	0/0	g0021	1	0	1	0	0	0	AMIGO1	chr1	109499178	109514727
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AMIGO2_chr12_47071447_47084959	0/0	g0004	73	4	2	60	4	3	AMIGO2	chr12	47071447	47084959
AMIGO2_chr12_47071447_47084959	0/0	g0005	56	4	2	34	1	15	AMIGO2	chr12	47071447	47084959
AMIGO2_chr12_47071447_47084959	0/0	g0006	21	7	3	11	0	0	AMIGO2	chr12	47071447	47084959
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