JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

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regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	ghapid	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	genename	chr	start	end
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BYSL_chr6_41916499_41938046	0/0	g0077	1	0	0	1	0	0	BYSL	chr6	41916499	41938046
BYSL_chr6_41916499_41938046	0/0	g0078	1	0	0	1	0	0	BYSL	chr6	41916499	41938046
BYSL_chr6_41916499_41938046	0/0	g0079	1	1	0	0	0	0	BYSL	chr6	41916499	41938046
BYSL_chr6_41916499_41938046	0/0	g0080	1	0	1	0	0	0	BYSL	chr6	41916499	41938046
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BYSL_chr6_41916499_41938046	0/0	g0082	1	0	0	1	0	0	BYSL	chr6	41916499	41938046
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