Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0016	11140	3	3	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0017	11137	2	0	1	0	0	1	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0018	11143	2	1	1	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0019	11139	2	0	0	0	2	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0020	11138	2	2	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0021	11140	2	1	1	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0022	11139	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0023	11137	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0024	11134	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0025	11134	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0026	11135	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0027	11139	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0028	11139	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0029	11144	1	0	1	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0030	11139	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	1/0	t0031	11139	1	0	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0032	11139	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0033	11139	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0034	11139	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0035	11140	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0036	11140	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0037	11139	1	0	0	0	0	1	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0038	11140	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0039	11139	1	0	1	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0040	11138	1	0	0	0	0	1	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0041	11135	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0042	11136	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0043	11140	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0044	11140	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0045	11134	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0046	11134	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0047	11134	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0048	11139	1	0	1	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0049	11139	1	0	0	0	0	1	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0050	11136	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0051	11136	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0052	11140	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0053	11136	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0054	11136	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0055	11140	1	0	0	0	0	1	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0056	11139	1	0	0	1	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0057	11104	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0058	11139	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0059	11136	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0060	11140	1	0	1	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0061	11139	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0062	11136	1	0	1	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO1_chr1_35878209_35935532	0/0	t0063	11139	1	1	0	0	0	0	copy fasta	AGO1	chr1	35878209	35935532
AGO2_chr8_140515156_140640633	0/1	t0001	12021	36	1	10	15	1	8	copy fasta	AGO2	chr8	140515156	140640633
AGO2_chr8_140515156_140640633	0/0	t0002	12021	23	1	1	17	0	4	copy fasta	AGO2	chr8	140515156	140640633