JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0028	3207	2	2	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0029	3181	2	0	0	0	2	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0030	3220	2	2	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0031	3214	2	2	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0032	3216	2	0	0	2	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0033	3218	2	2	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0034	3218	2	2	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0035	3218	2	0	2	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0036	3191	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0037	3203	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0038	3199	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0039	3199	1	0	0	0	0	1	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0040	3199	1	0	1	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0041	3199	1	0	0	0	0	1	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0042	3199	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0043	3199	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0044	3199	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0045	3201	1	0	0	0	0	1	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0046	3201	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0047	3203	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0048	3205	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0049	3205	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0050	3205	1	0	0	0	0	1	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0051	3205	1	0	1	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0052	3205	1	0	0	0	1	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0053	3205	1	0	0	0	1	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0054	3205	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0055	3205	1	0	0	0	0	1	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0056	3205	1	0	1	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/1	t0057	3205	1	0	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0058	3207	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0059	3207	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0060	3209	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0061	3209	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0062	3211	1	0	0	0	1	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0063	3211	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0064	3209	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0065	3212	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0066	3216	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0067	3218	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0068	3220	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0069	3224	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0070	3212	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0071	3222	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0072	3204	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0073	3212	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0074	3212	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0075	3212	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0076	3214	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0077	3216	1	0	1	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451