JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0078	3218	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0079	3218	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0080	3218	1	0	1	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0081	3218	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0082	3218	1	0	0	0	0	1	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0083	3220	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0084	3220	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0085	3220	1	0	0	0	1	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0086	3222	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0087	3222	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0088	3222	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0089	3222	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0090	3222	1	0	0	0	0	1	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0091	3222	1	0	0	0	0	1	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0092	3224	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0093	3224	1	0	1	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0094	3228	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0095	3218	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD3_chr2_31229152_31274451	0/0	t0096	3218	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD3	chr2	31229152	31274451
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/1	t0001	4776	142	22	19	77	8	15	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0002	4776	43	7	4	28	0	4	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0003	4777	34	7	8	7	4	8	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0004	4777	14	14	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0005	4777	13	1	3	1	0	8	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0006	4778	12	11	1	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0007	4777	9	0	3	4	1	1	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0008	4776	7	0	0	7	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0009	4776	7	0	7	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0010	4777	7	0	0	7	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0011	4776	6	6	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0012	4777	5	0	4	0	0	1	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0013	4777	4	2	0	0	0	2	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0014	4777	4	4	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0015	4776	3	0	3	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0016	4777	3	2	0	0	0	1	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0017	4777	3	0	0	3	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0018	4777	3	3	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0019	4776	2	0	0	2	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0020	4776	2	0	0	0	0	2	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0021	4777	2	1	0	0	0	1	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0022	4777	2	0	2	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0023	4777	2	2	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0024	4777	2	2	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0025	4776	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0026	4776	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0027	4776	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0028	4776	1	0	0	1	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0029	4776	1	0	1	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	0/0	t0030	4776	1	1	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557
EHD4_chr15_41890933_41977557	1/0	t0031	4776	1	0	0	0	0	0	copy fasta	EHD4	chr15	41890933	41977557