JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0016	4756	1	0	1	0	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0017	4756	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0018	4756	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0019	4753	1	1	0	0	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0020	4756	1	0	1	0	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0021	4756	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0022	4756	1	0	1	0	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0023	4756	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0024	4756	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0025	4756	1	0	1	0	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0026	4756	1	0	0	0	0	1	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0027	4756	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL1_chr3_120387293_120455992	0/0	t0028	4756	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL1	chr3	120387293	120455992
FSTL3_chr19_671392_688385	1/1	t0001	1710	125	13	35	65	3	7	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0002	1714	93	4	24	45	6	14	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0003	1714	50	14	3	31	0	2	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0004	1714	42	12	3	19	4	4	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0005	1714	21	0	0	21	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0006	1666	14	0	3	3	2	6	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0007	1714	11	10	1	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0008	1714	9	8	0	0	0	1	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0009	1714	9	1	3	0	0	5	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0010	1714	7	7	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0011	1714	6	6	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0012	1690	5	1	4	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0013	1714	4	4	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0014	1710	4	0	4	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0015	1714	3	3	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0016	1690	3	0	0	2	0	1	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0017	1714	2	2	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0018	1714	2	0	0	0	0	2	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0019	1714	2	2	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0020	1710	2	0	0	2	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0021	1690	2	2	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0022	1710	2	0	0	2	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0023	1714	1	0	0	0	0	1	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0024	1714	1	0	0	0	1	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0025	1714	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0026	1690	1	0	0	0	1	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0027	1662	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0028	1714	1	0	0	0	0	1	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0029	1714	1	0	0	0	0	1	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0030	1690	1	1	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0031	1662	1	0	0	0	0	1	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0032	1666	1	1	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0033	1714	1	1	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0034	1714	1	1	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0035	1714	1	1	0	0	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0036	1710	1	0	0	1	0	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385
FSTL3_chr19_671392_688385	0/0	t0037	1714	1	0	0	0	1	0	copy fasta	FSTL3	chr19	671392	688385