JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0010	1627	3	0	0	3	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0011	1624	2	2	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0012	1625	2	0	0	2	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0013	1624	2	2	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0014	1628	2	2	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0015	1623	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0016	1624	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0017	1624	1	0	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0018	1624	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0019	1624	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0020	1624	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0021	1625	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0022	1628	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319L_chr1_35428492_35562403	0/0	t0023	1628	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319L	chr1	35428492	35562403
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0001	3606	29	2	3	24	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0002	3606	16	3	2	10	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0003	3606	12	10	2	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0004	3594	11	4	1	5	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0005	3596	11	0	3	8	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0006	3606	11	5	0	6	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0007	3596	10	0	2	7	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0008	3596	9	2	2	3	1	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0009	3606	9	2	3	3	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0010	3608	9	0	2	6	1	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0011	3608	8	0	0	0	1	7	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0012	3594	7	3	3	0	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0013	3608	7	1	1	3	0	2	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0014	3620	7	6	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0015	3626	7	0	2	4	1	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/1	t0016	3594	6	1	3	0	1	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0017	3604	5	0	4	0	1	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0018	3630	5	0	0	4	1	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0019	3596	4	1	1	1	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0020	3608	4	1	0	3	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0021	3622	4	0	3	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0022	3610	3	0	1	0	1	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0023	3594	3	3	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0024	3602	3	3	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0025	3608	3	2	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0026	3608	3	3	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0027	3618	3	0	1	0	1	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0028	3622	3	0	1	0	0	2	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0029	3628	3	0	1	1	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0030	3620	2	1	0	0	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0031	3594	2	1	0	0	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0032	3594	2	2	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0033	3596	2	0	0	2	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0034	3606	2	2	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0035	3607	2	2	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0036	3610	2	0	1	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191