JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0037	3620	2	0	0	0	1	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0038	3620	2	0	2	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0039	3626	2	2	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0040	3628	2	0	0	2	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0041	3630	2	0	0	0	0	2	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0042	3604	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0043	3594	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0044	3628	1	0	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0045	3618	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0046	3654	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0047	3594	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0048	3594	1	0	0	0	1	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0049	3594	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0050	3594	1	0	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0051	3594	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0052	3594	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0053	3596	1	0	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0054	3596	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0055	3597	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0056	3596	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0057	3597	1	0	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0058	3596	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0059	3597	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0060	3599	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0061	3598	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0062	3600	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0063	3602	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0064	3604	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0065	3604	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0066	3604	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0067	3604	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0068	3604	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0069	3606	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0070	3606	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0071	3606	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0072	3606	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0073	3606	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0074	3606	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0075	3606	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0076	3596	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0077	3606	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0078	3606	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0079	3606	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0080	3608	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0081	3608	1	0	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0082	3608	1	1	0	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0083	3608	1	0	0	0	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0084	3608	1	0	1	0	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0085	3608	1	0	0	0	0	1	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191
KIAA0319_chr6_24539107_24651191	0/0	t0086	3610	1	0	0	1	0	0	copy fasta	KIAA0319	chr6	24539107	24651191