JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0031	2116	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0032	2116	1	0	1	0	0	0	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0033	2112	1	0	0	1	0	0	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0034	2112	1	0	1	0	0	0	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0035	2112	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0036	2112	1	0	0	0	0	1	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0037	2112	1	0	0	1	0	0	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0038	2116	1	0	0	0	0	1	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0039	2116	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2K7_chr19_7898877_7919478	0/0	t0040	2116	1	0	0	1	0	0	copy fasta	MAP2K7	chr19	7898877	7919478
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0001	4163	34	5	6	19	1	3	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/1	t0002	4162	34	25	4	0	2	2	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0003	4164	11	7	1	0	0	3	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0004	4184	5	0	0	5	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0005	4179	5	0	0	4	1	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0006	4161	4	4	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0007	4162	4	0	0	4	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0008	4172	3	3	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0009	4180	3	1	0	2	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	1/0	t0010	4167	3	2	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0011	4166	3	3	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0012	4185	3	0	1	2	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0013	4178	2	0	0	1	0	1	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0014	4184	2	0	0	2	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0015	4184	2	2	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0016	4183	2	0	1	0	0	1	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0017	4166	2	1	1	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0018	4160	2	2	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0019	4183	2	0	0	2	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0020	4181	2	0	1	1	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0021	4163	1	0	0	1	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0022	4180	1	0	0	0	0	1	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0023	4179	1	0	0	1	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0024	4180	1	0	0	1	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0025	4165	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0026	4163	1	0	1	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0027	4166	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0028	4185	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0029	4182	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0030	4180	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0031	4179	1	0	1	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0032	4178	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0033	4162	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0034	4160	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0035	4162	1	0	0	0	0	1	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0036	4160	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0037	4183	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0038	4187	1	0	1	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0039	4183	1	0	0	1	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112
MAP2_chr2_209419047_209739112	0/0	t0040	4163	1	1	0	0	0	0	copy fasta	MAP2	chr2	209419047	209739112