JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/1	t0001	2260	190	49	38	73	8	21	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0002	2261	56	5	11	35	2	3	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0003	2260	52	18	6	18	0	10	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0004	2260	28	1	5	20	2	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0005	2260	25	0	2	23	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0006	2260	21	0	7	13	0	1	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0007	2260	15	15	0	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0008	2261	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0009	2261	1	0	0	0	0	1	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0010	2270	1	0	0	1	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0011	2260	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0012	2260	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0013	2260	1	0	1	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0014	2260	1	0	1	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0015	2260	1	0	0	0	0	1	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0016	2260	1	0	0	0	0	1	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0017	2260	1	0	1	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0018	2260	1	0	0	1	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	0/0	t0019	2260	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGEF1_chr7_66735733_66816464	1/0	t0020	2258	1	0	0	0	0	0	copy fasta	RABGEF1	chr7	66735733	66816464
RABGGTA_chr14_24260538_24276597	1/1	t0001	243	319	47	61	159	14	36	copy fasta	RABGGTA	chr14	24260538	24276597
RABGGTA_chr14_24260538_24276597	0/0	t0002	243	83	32	12	27	2	10	copy fasta	RABGGTA	chr14	24260538	24276597
RABGGTA_chr14_24260538_24276597	0/0	t0003	243	10	9	1	0	0	0	copy fasta	RABGGTA	chr14	24260538	24276597
RABGGTA_chr14_24260538_24276597	0/0	t0004	243	2	2	0	0	0	0	copy fasta	RABGGTA	chr14	24260538	24276597
RABGGTB_chr1_75781256_75800086	1/1	t0001	453	391	89	71	167	14	48	copy fasta	RABGGTB	chr1	75781256	75800086
RABGGTB_chr1_75781256_75800086	0/0	t0002	453	8	8	0	0	0	0	copy fasta	RABGGTB	chr1	75781256	75800086
RABGGTB_chr1_75781256_75800086	0/0	t0003	453	3	1	2	0	0	0	copy fasta	RABGGTB	chr1	75781256	75800086
RABGGTB_chr1_75781256_75800086	0/0	t0004	453	1	0	1	0	0	0	copy fasta	RABGGTB	chr1	75781256	75800086
RABGGTB_chr1_75781256_75800086	0/0	t0005	453	1	0	0	1	0	0	copy fasta	RABGGTB	chr1	75781256	75800086
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0001	2748	145	38	33	50	10	14	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/1	t0002	2748	110	2	24	74	4	5	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0003	2748	69	10	12	37	1	9	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0004	2748	38	10	2	20	0	6	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	1/0	t0005	2748	14	10	3	0	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0006	2748	11	11	0	0	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0007	2748	8	1	4	0	0	3	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0008	2748	6	0	0	6	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0009	2748	6	0	0	6	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0010	2748	3	0	0	3	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0011	2748	3	0	0	3	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0012	2748	3	3	0	0	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0013	2748	2	0	0	0	0	2	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0014	2748	1	0	0	0	1	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0015	2748	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0016	2748	1	0	0	0	0	1	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0017	2748	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0018	2748	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0019	2748	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0020	2748	1	0	0	1	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149
RABIF_chr1_202873282_202894149	0/0	t0021	2748	1	1	0	0	0	0	copy fasta	RABIF	chr1	202873282	202894149