JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

Search Genic Haplotype Catalog

Haplotypefield

Choose the ACTG layer used to define haplotypes.

Genename

e.g. ALDH2, HBB.

Chr

Chromosome number (1-22, X, Y).

GRCh38

1 = haplotype type matches GRCh38; 0 = does not match.

Chm13v2

1 = haplotype type matches CHM13v2; 0 = does not match.

Gpopname

Filter by superpopulation group.

Popname

Filter by population group.

Total

Minimum number of hits (≥).

Start

Start coordinate (GRCh38).

End

End coordinate (GRCh38).

Sort By

Choose a field to sort by.

Order by

Ascending / Descending.

Show

Results per page.

regionname	grch38/ chm13v2 1/0: The haplotype type is the same as GRCh38 0/1: The haplotype type is the same as CHM13v2 0/0: The haplotype type matches neither GRCh38 nor CHM13v2 1/1: The haplotype type is the same on both GRCh38 and CHM13v2	thapid	tlen	total	AFR	AMR	EAS	EUR	SAS	tseq	genename	chr	start	end
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0014	2597	4	4	0	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0015	2597	4	0	0	4	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0016	2597	4	4	0	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0017	2593	3	3	0	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0018	2593	2	0	0	0	0	2	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0019	2597	2	1	1	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0020	2598	2	0	0	2	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0021	2594	2	2	0	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0022	2596	2	0	1	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0023	2597	2	0	0	2	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0024	2596	2	0	0	0	0	2	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0025	2597	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0026	2597	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0027	2593	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0028	2597	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0029	2597	1	0	1	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0030	2597	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0031	2598	1	0	1	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0032	2598	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0033	2598	1	0	0	0	1	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0034	2597	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0035	2598	1	0	0	0	1	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0036	2598	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0037	2598	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0038	2597	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM22_chr17_992129_1008671	0/0	t0039	2597	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM22	chr17	992129	1008671
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	1/1	t0001	1929	172	34	37	72	5	22	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0002	1929	114	27	20	57	4	6	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0003	1929	49	13	10	14	4	8	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0004	1929	12	4	2	4	1	1	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0005	1929	3	0	1	0	2	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0006	1929	3	3	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0007	1929	2	2	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0008	1929	2	2	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0009	1929	2	2	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0010	1929	2	2	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0011	1929	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0012	1929	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0013	1919	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0014	1929	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0015	1929	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0016	1929	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0017	1929	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0018	1929	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0019	1929	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0020	1929	1	0	1	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0021	1929	1	0	0	1	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0022	1929	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0023	1929	1	0	1	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850
TIMM23B_chr10_49937053_49979850	0/0	t0024	1929	1	1	0	0	0	0	copy fasta	TIMM23B	chr10	49937053	49979850