Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr16:46688647	T T	C C	1	a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0178	1	NA19089.hp2 NA19089.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.3+484A>G c.3+484A>G	VPS35	ENSG00000069329.19	transcript	ENST00000299138.12	protein_coding	1/16	chr16	46688647
chr16:46688828	C C	A A	2	a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0180	2	HG01106.hp2 HG01255.hp1 HG01106.hp2 HG01255.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.3+303G>T c.3+303G>T	VPS35	ENSG00000069329.19	transcript	ENST00000299138.12	protein_coding	1/16	chr16	46688828
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Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 3)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 8)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 34)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 182)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 8)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 38)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 182)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 220)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 2)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 5)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 33)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 168)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)