Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr1:171280905	C C	T T	3	a0001c0002 a0004c0005 a0009c0013 a0001c0002 a0004c0005 a0009c0013	78	HG00323.hp1 HG00597.hp2 HG00642.hp2 others(75): Show HG00323.hp1 HG00597.hp2 HG00642.hp2 HG00735.hp2 HG01069.hp1 HG01081.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01891.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp2 HG02735.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG03834.hp2 HG04115.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp2 NA18747.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18992.hp1 NA18999.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19074.hp2 NA20300.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp1	synonymous_variant	LOW	c.747C>T c.747C>T	p.Thr249Thr p.Thr249Thr	FMO1	ENSG00000010932.17	transcript	ENST00000617670.6	protein_coding	6/9	883/2152	747/1599	249/532	chr1	171280905
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chr1:171283148	A A	G G	4	a0001c0002 a0002c0003 a0002c0012 others(1): Show a0001c0002 a0002c0003 a0002c0012 a0009c0013	96	HG00323.hp1 HG00597.hp2 HG00642.hp2 others(93): Show HG00323.hp1 HG00597.hp2 HG00642.hp2 HG00735.hp2 HG01069.hp1 HG01081.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG03834.hp2 HG04115.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18747.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18959.hp1 NA18992.hp1 NA18999.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp2 NA19074.hp2 NA20300.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1188A>G c.1188A>G	p.Val396Val p.Val396Val	FMO1	ENSG00000010932.17	transcript	ENST00000617670.6	protein_coding	8/9	1324/2152	1188/1599	396/532	chr1	171283148
chr1:171283166	A A	G G	1	a0001c0011 a0001c0011	1	HG02293.hp2 HG02293.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1206A>G c.1206A>G	p.Pro402Pro p.Pro402Pro	FMO1	ENSG00000010932.17	transcript	ENST00000617670.6	protein_coding	8/9	1342/2152	1206/1599	402/532	chr1	171283166
chr1:171285346	A A	G G	1	a0003c0004 a0003c0004	3	HG02055.hp2 HG02486.hp1 HG03130.hp1 HG02055.hp2 HG02486.hp1 HG03130.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1401A>G c.1401A>G	p.Pro467Pro p.Pro467Pro	FMO1	ENSG00000010932.17	transcript	ENST00000617670.6	protein_coding	9/9	1537/2152	1401/1599	467/532	chr1	171285346

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chr1:171285118	T T	A A	2	a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0201	2	HG00438.hp2 HG02040.hp2 HG00438.hp2 HG02040.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.1257-84T>A c.1257-84T>A	FMO1	ENSG00000010932.17	transcript	ENST00000617670.6	protein_coding	8/8		chr1	171285118
chr1:171285127	T T	C C	4	a0001c0002t0002g0052 a0001c0002t0002g0053 a0001c0002t0002g0054 others(1): Show a0001c0002t0002g0052 a0001c0002t0002g0053 a0001c0002t0002g0054 a0001c0002t0002g0243	4	HG02698.hp2 HG02735.hp2 HG03704.hp2 others(1): Show HG02698.hp2 HG02735.hp2 HG03704.hp2 HG03834.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.1257-75T>C c.1257-75T>C	FMO1	ENSG00000010932.17	transcript	ENST00000617670.6	protein_coding	8/8		chr1	171285127

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JoGo Online Haplotype Explorer FMO1_chr1_171243494_171290961

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Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 10)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 13)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 13)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 292)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 13)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 24)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 293)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 312)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 9)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 6)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 8)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 419)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)