Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr5:65554884	C C	T T	1	a0001c0002 a0001c0002	8	NA18949.hp1 NA18977.hp1 NA18979.hp2 others(5): Show NA18949.hp1 NA18977.hp1 NA18979.hp2 NA18992.hp2 NA19057.hp2 NA19059.hp2 NA19063.hp1 NA19089.hp2	synonymous_variant	LOW	c.24G>A c.24G>A	p.Pro8Pro p.Pro8Pro	CENPK	ENSG00000123219.13	transcript	ENST00000396679.6	protein_coding	3/11	236/1731	24/810	8/269			chr5	65554884

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chr5:65563113	A A	G G	1	a0001c0001t0009 a0001c0001t0009	1	HG02698.hp2 HG02698.hp2	5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant	LOW	c.-157T>C c.-157T>C	CENPK	ENSG00000123219.13	transcript	ENST00000396679.6	protein_coding	1/11		chr5	65563113
chr5:65563128	A A	C C	4	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0002c0005t0003 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0002c0005t0003 a0003c0004t0002	112	HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 others(109): Show HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp2 HG02280.hp2 HG02293.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02683.hp1 HG02723.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG03017.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03239.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp1 HG03834.hp1 HG03927.hp2 HG04184.hp2 HG04199.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 NA18522.hp1 NA18942.hp2 NA18947.hp1 NA18947.hp2 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18953.hp1 NA18955.hp2 NA18961.hp1 NA18962.hp2 NA18964.hp1 NA18967.hp2 NA18968.hp2 NA18970.hp1 NA18971.hp1 NA18974.hp2 NA18991.hp2 NA18992.hp1 NA18999.hp1 NA19002.hp2 NA19009.hp1 NA19010.hp2 NA19011.hp2 NA19043.hp2 NA19054.hp1 NA19057.hp1 NA19058.hp2 NA19063.hp2 NA19066.hp2 NA19070.hp1 NA19078.hp2 NA19080.hp1 NA19081.hp1 NA19081.hp2 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA19091.hp1 NA19091.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp2 NA21309.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-172T>G c.-172T>G	CENPK	ENSG00000123219.13	transcript	ENST00000396679.6	protein_coding	1/11	8221	chr5	65563128
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JoGo Online Haplotype Explorer CENPK_chr5_65512766_65568168

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🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 3)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 5)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 11)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 341)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 5)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 16)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 341)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 374)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 2)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 2)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 9)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 559)

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Annotation (SNP Array)